در ساعت 4 روز پنجشنبه همزمان با سالروز عید ولایت امیر المومنین علی علیه السلام آیت الله جعفری از علمای برجسته و مبرز ساکن تهران و از شاگردان مرحوم آیت الله خویی دار فانی را وداع گفتند.
شرح زندگی آن مرحوم به شرح ذیل است:
مرحوم مغفور استاد علامه حضرت آیت الله شیخ محمد رضا جعفری در خانواده ای روحانی که سابقه ی آن به حدود قرن دهم هجری می رسد در صبح روز جمعه هفتم شوال سال 1350 قمری ( 1310 شمسی) در شهر نجف اشرف به دنیا آمدند. ایشان تا سن 14 سالگی تحت تربیت پدر بزرگوارشان آیت الله شیخ نصر الله اشکوری پرورش یافتند. پدر ایشان از علمای معروف حوزه قزوین و نجف اشرف و از شاگردان متقدم استاد الفقها میرزای مرحوم آیت الله نایینی بودند. ایشان در سال 1364 هجری قمری پدرشان را از دست دادند.
آیت الله جعفری از همان اوان جوانی به ذهنی سرشار و قوه حافظه بالا معروف و مشارُ بالبنان بودند. ایشان دروس حوزوی نظیر عربیت، منطق، فلسفه ، فلکیات، نجوم ، فقه و اصول را نزد اساتید مبرز حوزه نجف با موفقیت گذرانیدند و در همین ایام به فراگیری زبان انگلیسی و فرانسه پرداختند به طوری که در زبان انگلیسی مهارت کاملی یافته و بعد ها زیر نظر ایشان کتاب اصول کافی ، عقاید صدوق و چند کتاب دیگر به زبان انگلیسی ترجمه و منتشر شد.
مرحوم آیت الله جعفری دروس خارج حوزه را ( فقها و اصولا) نزد آیت الله العظمی حاج سید ابولقاسم خویی( قدس الله نفسه الزکیه) و آیت الله العظمی سید محمد روحانی ( رحمت الله علیه) با موفقیت گذرانیدند. ایشان که در جلسه استفتاء آیت الله العظمی خویی از جمله شرکت کنندگان بودند و سه سال با مرحوم شهید سعید ایت الله سید محمد باقر صدر دروس مرحوم ایت الله روحانی را مباحثه می کردند، موفق به کسب اجازه اجتهاداز جانب ایشان گردیدند.
در سال 1379 هجری قمری در حوزه نجف اشرف تشکیلاتی در زمینه اداره حوزه تشکیل شد که آن مرحوم یکی از اعضای فعال آن بوده و در مجله ای به نام الاضواء که متعلق به این تشکیلات بود فعالیت می کردند. ایشان همچنین در نجف اشرف به ارایه دروسی در زمینه عقاید اسلامی و نقد فلسفه مارکسیسم که در آن زمان شیوع فراوانی داشت پرداختند.
مرحوم آیت الله جعفری همچنین در دانشگاه کلیه الفقه نجف به مدت 7 سال به تدریس تاریخ اسلام، اصول عقاید ، اصول فقه و تفسیر پرداخته و پس از آن در سال 1392 هجری قمری مجبور به ترک اجباری از حوزه نجف گردیده و بعد از آن در تهران رحل اقامت افکندند. ایشان در طول بیش از 38 سال حضور در تهران در موسسه جهانی خدمات اسلام که به جهت شناساندن اسلام و مذهب شیعه امامیه تشکیل یافته بود حضور فعال داشتند. در همین برهه کتاب های اصول کافی ، نهج البلاغه ، المیزان، عقاید صدوق، اقتصادنا ،نظام حقوق زن در اسلام و ... تحت نظر ایشان به زبان انگلیسی چاپ و منتشر شد. علاوه بر این ایشان با تشکیل کلاس هایی در زمینه کلام ، تاریخ اسلام، نقد فلسفه غرب ، تفسیر و علم کلام جدید به تربیت ده ها شاگرد پرداختند. نواوری در نظرات تاریخ اسلام ایشان مورد توجه محققین و حوزه علمیه قرار گرفته است. وسعت تحقیقات، دقت نظر و کتاب خانه معظمی مشتمل بر بیش از سی هزار جلد کتاب در زمینه علوم اسلامی به زبان های فارسی ، عربی و انگلیسی از ایشان محققی بی بدیل ساخته بود.
مرحوم آیت الله جعفری همچنین در سامان دادن به تحقیقات متعددی دخیل بودند که از آن جمله می توان به موسوعه الامام الحسین ( در بیست جلد و بیش از 15 هزار صفحه) اشاره نمود. از ایشان مقالات فراوانی در مجلات مختلف، مقدمه هایی بر برخی از کتب و یک سری تحقیقات باقی مانده که گوشه ای از آنها به شرح ذیل می باشد:
1- تاریخ علم کلام
2- طبقات متکلمی الشیعه
3- السقیفه
4- فدک
5- تعلیقات و شرح کتاب اصول کافی به زبان انگلیسی
6- رساله فی الغدیر
7- رساله فی المعنی المولا
8- تعلیقات بر طبقات اعلام الشیعه مرحوم آشیخ آقا بزرگ تهرانی
9- تحقیق و تعلیق بر کتاب خلاصه الاقوال علامه حلی
10- تحقیق درباره هشام ابن حکم
11- تحقیق در باره فرقه اسماعیلیه
12- بحث و تحقیق در باب تحریف قرآن
از خصوصیات بارز مرحوم جعفری دفاع از مبانی امامیه و نقد و بررسی آرا و شبهات بود. شدت علاقه ایشان به مولایش امیر المومنین و حضرت سید الشهدا و ائمه معصومین سبب گردیده بود که منزل ایشان بیش از چهل سال به عنوان مرکزی برای عزاداری و عرض ارادت به خاندان عصمت و طهارت بدل گردد. سر انجام ایشان بعد از مدت طولانی بیماری در روز عید غدیر به جانب مولایش پرگشید.