یگان ویژه صابرین برای اولین بار در سال ۱۳۷۹ با هدف انجام ماموریت‌های ویژه سپاه پاسداران تشکیل شد و نخستین فرمانده آن سرلشکر پاسدار محمدعلی جعفری؛ فرمانده وقت سپاه پاسداران بود. نام این یگان، برگرفته از نام صابرین در آیه ۶۵ سوره انفال است، که در این آیه به مؤمنان دستور داده می‌شود که «جهاد کنند و از تعداد کم ایشان در برابر کفار حتی اگر یک دهم آن‌ها باشند، نهراسند، زیرا به واسطه ایمانشان، خدا یاور آنان است.»