موضوع حل اختلاف فوتبالی‌ها در کمیته اخلاق فدراسیون فوتبال یا مراجع قضایی پرسشی است که همواره مورد توجه بوده است.
به گزارش خبرگزاری تسنیم ماجراهای درگیری‌ها و دعواهای حقوقی در فوتبال از جمله مواردی است که همواره محل بحث بوده و این پرسش مطرح شده که آیا تمام اختلافات خانواده فوتبال باید در کمیته اخلاق فدراسیون حل شود یا اینکه می‌توان آنها را به بیرون از فوتبال و دادسرا و دادگاه برد.
در ماده 14 اساسنامه فدراسیون فوتبال آمده است: افرادی که در حوزه فوتبال فعالیت می‌کنند حق طرح دعوا در موارد غیر آمره در دادگستری را ندارند و باید در رکن قضایی فدراسیون فوتبال طرح دعوی کنند. مصداق بارز این موضوع خواسته ابطال انتخابات است اما طرح دعاوی در مواردی که نقض قوانین آمره کشوری محسوب می‌شود در دادگستری بلامانع بوده و از جمله نقض قواعد آمره مصادیق ارتکاب جرم محسوب می‌شود.
عدم مراجعه ناظر به افراد و اشخاص حقیقی است که در محیط فوتبال فعالیت می‌کنند و چنانچه فدراسیون و زیرمجموعه‌های آن دارای حقوقی باشند که نیاز به طرح دعوا در دادگستری باشد و در واقع استیفای حقوق تمام اشخاص جامعه فوتبال است نه تنها بلااشکال بوده بلکه از وظایف ذاتی فدراسیون به شمار می‌رود.
در ماده 28 آیین نامه اخلاق صراحتاً بیان شده که مصادیق مجرمانه به دادسرای محل وقوع جرم اعلام می‌شود و این اعلام جرم نافی رسیدگی کمیته اخلاق به موضوع تخلف از دیدگاه فوتبالی نیست. اصولاً کمیته اخلاق بنا بر رویه در مصادیقی که دارای پیچیدگی در احراز یا نیازمند تحقیقات قضایی باشد تا صدور رأی دادگاه یا کیفرخواست دادسرا رسیدگی خود را ادامه می‌دهد و حتی در صورت صدور رأی کمیته؛ پس از صدور رأی دادگاه نیز چنانچه رأی حاوی محکومیت یا موضوع جدیدی باشد می‌تواند مجدداً تحقیقات و رسیدگی خود را آغاز کند.
در موضوع ورود مرجع قضایی به جرایم حوزه فوتبال با لحاظ ماده یک اساسنامه فدراسیون فوتبال و دولتی نبودن این نهاد دادستان در موارد وقوع جرم صرفاً در جرایم دارای جنبه عمومی بدون شکایت خود فدراسیون حق ورود و رسیدگی را دارد و در جرایم فاقد جنبه عمومی با طرح دعوا توسط خود فدراسیون ورود دادسرای محل وقوع جرم نیز بلامانع است. تشخیص طرح دعوا در موارد فاقد جنبه عمومی با لحاظ منافع فوتبال با فدراسیون و رکن قضایی است.