کیهان در باره دلیل جایگرین شدن دبیر شورایعالی امنیت ملی به جای وزیر خارجه در مذاکره با عربستان نوشت: اولاً ارتقای سطح مذاکرات به سطح دبیری شورای عالی امنیت ملی، به درخواست طرف سعودی بود
ثانیاً مذاکرات در این سطح در دولت‌های مختلف چیز عجیبی نیست. چنان که به عنوان مثال در دولت خاتمی نیز با وجود فعالیت وزیر خارجه با سابقه‌ای مثل کمال خرازی، پرونده هسته‌ای توسط دبیر وقت شورای عالی امنیت ملی (حسن روحانی) اداره می‌شد و پس از آن نیز توسط آقایان لاریجانی و جلیلی (دبیران بعدی شورا) ادامه داشت.
ثالثاً تصمیماتی مانند تصمیم اخیر در یک دستگاه خاص تصمیم‌گیری نمی‌شود بلکه با هماهنگی دستگاه‌های مختلف صورت می‌پذیرد.
رابعاً به ماجرا از زاویه واقعی‌تری هم می‌توان نگریست و آن اینکه آقای شمخانی در دولت قبل نیز در سمت فعلی فعالیت داشت، اما این هنر دولت فعلی بود که توانست از ظرفیت آقای شمخانی نیز در پیشبرد سیاست خارجه استفاده مطلوب بکند.