روزنامه خراسان به نقل از مدیرکل امور مالیاتی استان خراسان رضوی نوشت: مالیات آستان قدس رضوی به‌صورت دخلی و خرجی و پرونده آن‌ها در حال رسیدگی است، به پرونده همه پرداختی‌های این نهاد رسیدگی شده مگر این که معافیت‌های قانونی برای مالیات بر ارزش‌افزوده داشته باشند که مطابق ماده 12 قدیم و ماده 9 جدید مثلاً عملکردشان در محصولات کشاورزی منجر به این می‌شود که مشمول مالیات به نرخ صفر شوند.
به‌طورکلی این نهاد مشمول مالیات بر ارزش‌افزوده نیست بااین‌حال با رعایت تمام و کمال قوانین، به پرونده مالیاتی آن‌ها رسیدگی می‌شود.
حسین پور، معاون اداره کل مالیات استان در تکمیل توضیحات مدیرکل می‌گوید: بر اساس دستور مقام معظم رهبری، مالیات تکلیفی و ارزش‌افزوده واحدهای وابسته به آستان قدس مانند بقیه موارد اخذ و به‌حساب خزانه هم واریز می‌شود.
برای مالیات عملکرد آستان قدس و سازمان‌های وابسته به آن، خود آستان قدس نذورات و موقوفاتش طبق ماده 139 مانند سایر تمامی آستان‌های مقدسه و موقوفات معافیت دارد.
فقط بحث شرکت‌های وابسته به آستان قدس است که این‌ها هم به‌صورت جمعی و خرجی است یعنی از آن‌ها اخذ می‌شود، به‌حساب خاص واریز می‌شود و دوباره در اختیار خود آستان قدس قرار می‌گیرد.
می‌پرسیم این توضیحات یعنی آستان قدس مالیاتی پرداخت نمی‌کند و تنها حسابرسی مالیاتی می‌شود؟ معاون حقوقی می‌گوید: این نهاد اظهارنامه می‌دهد، تکالیف قانونی‌اش را انجام می‌دهد، حسابرسی می‌شود، مالیاتش اخذ می‌شود ولی به‌حساب دولت واریز نمی‌شود. درواقع این مسئله به شفافیت عملکردشان کمک می‌کند.
البته سؤال ما درباره میزان مالیات تعیین‌شده برای آستان قدس رضوی در سال گذشته بی‌جواب می‌ماند و مدیرکل پاسخ دقیقی به این موضوع نمی‌دهد.