شمخانی با انتشار توییتی، از طالبان به دلیل عدم ایجاد حکومت فراگیر و استفاده از ابزار نظامی به جای گفتگو برای پاسخ به مطالبات اقوام و گروه های اجتماعی انتقاد کرد. علی شمخانی هم اکنون دبیر شورای عالی امنیت ملی است.