به گزارش ایسنا، او صبح امروز (بیست‌وششم اسفندماه ۹۹) بر اثر بیماری در یکی از بیمارستان‌های بلخ از دنیا رفت.
محمد طاهر زهیر، سرپرست وزارت اطلاعات و فرهنگ افغانستان با تایید این خبر در پیامی که در صفحه فیسبوک وزارت اطلاعات و فرهنگ این کشور منتشر شده، آورده است: «با تاثر و تالم دریافتم که یحیی جواهری، شاعر و نویسنده نامدار کشور بنا بر مریضی‌ای که عاید حالش بود، چشم از جهان بست. من دو روز قبل به عیادت این شاعر توانای کشور رفته بودم.
شادروان یحیی جواهری سال‌های زیاد عمرش را در خدمت به زبان و ادبیات کشور سپری کرد، نوشت و شعر سرود و در نوشته‌ها و اشعارش آرزوها و خواست‌های مردم را بازتاب داد.
درگذشت یحیی جواهری در عرصه زبان و ادبیات کشور یک ضایعه است.
برای او جنت برین و به خانواده و علاقه‌مندانش و همۀ شاعران و نویسندگان کشور، صبر و شکیبایی استدعا می‌کنم.»
همچنین سیدجعفر راستین، رئیس نشرات وزارت اطلاعات و فرهنگ افغانستان در پی درگذشت یحیا جواهری نوشته است: «استاد یحیا جواهری، شاعر نامدار بلخ هم کوچید و رفت. آن‌هم زمانی که گل سرخ مزار روئیدن گرفته است. از رفتنش دلم چون دشت شادیان در خون شناور شد.»
از آثار یحیا جواهری می‌توان به «شهر هزارچهره من»، «فنجان»، «الاغزل آن‌سوتر از ستاره»، «خط اول عشق»، «انار چله‌نشین» و «مبهم در موهوم» اشاره کرد.