علی اکبر ولایتی در بیانیه‌ای شهادت دکتر فخری‌زاده را تسلیت و این اقدام تروریستی را محکوم کرد.
به گزارش ایسنا، مشاور مقام معظم رهبری در امور بین‌الملل گفت: ترور کوردلانه و ناجوانمردانه رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع که از دانشمندان برجسته کشور محسوب می شد، بار دیگر دشمنی و خباثت بدخواهان این ملت و نظام را برملا کرد که برای دستیابی به اهداف و توطئه های شوم خود، شخصیت های دانشمند و علمی را ترور و به شهادت می رسانند.
وی افزود: قطعاً دشمنان ملت ایران که در اجرای سیاست‌های تحریم و فشار حداکثری ناکام مانده‌اند، از خشم و عصبانیت به این گونه اقدامات بزدلانه و رذیلانه روی آورده‌اند.
مشام مقام معظم رهبری در امور بین‌الملل ضمن هشدار درباره اینکه مسببان پیدا و پنهان ترور شهید فخری‌زاده در انتظار انتقام ملت ایران باشند، تاکید کرد: چنین اقداماتی هرگز نمی‌تواند استواری ملت ایران را در راه مقاومت و شکست توطئه‌های دشمن جنایتکار و دستیابی به توسعه و پیشرفت علمی متوقف نماید و ملت ایران انتقام خون این شهید والامقام را از عوامل تروریست و حامیان آنان خواهد گرفت .