علیرغم آنکه بعضی سازمان‌ها و نهادهای کشور طبق ماده ۲ قانون مالیات‌های مستقیم از پرداخت مالیات معاف هستند اما شرکت‌های زیرمجموعه این نهادها طبق قانون مالیات می‌پردازند. در همین راستا معاونت مالیات‌های مستقیم سازمان امور مالیاتی اعلام کرد فعالیت‌های اقتصادی نهادهای انقلابی و بنیادها از پرداخت مالیات معاف نیست.
به گزارش فارس سازمان امور مالیاتی کشور، بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی که مشمول مالیات نیستند را اعلام کرد.
در بخشنامه نادر جنتی معاون مالیات‌های مستقیم سازمان مالیاتی آمده است: نظر به اینکه براساس بند 4 الحاقی به ماده 2 قانون مالیات‌های مستقیم به موجب بند (1) قانون اصلاح قانون مالیات‌های مستقیم، مصوب 1394/4/31 بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی دارای مجوز معافیت از طرف حضرت امام خمینی (ره) و مقام معظم رهبری از شمول پرداخت مالیات‌های موضوع قانون مالیات‌های مستقیم، خارج گردیده‌اند، به پیوست تصویرنامه شماره 33306/ 1 مورخ 1396/9/21 دفتر مقام معظم رهبری به شرح زیر جهت اطلاع و اقدام ارسال می‌شود:
اسامی بنیادها و نهادهایی که براساس نظر مقام معظم رهبری مشمول بند مذکور بوده و تحت نظارت این دفتر فعالیت می‌نمایند، به طرح ذیل جهت بلاغ به سازمان امور مالیاتی و مراجع ذی‌ربط برای رعایت مفاد قانون درباره انها ایفاد می‌گردد.
بدیهی است مفاد تبصره‌های ماده 2 قانون درخصوص این بنیادها و نهادها و تکالیف آنها در مورد پرداخت مالیات‌های تکلیفی و مالیات بر ارزش افزوده همچنان مجری خواهد بود.
1- بنیاد شهید و امور ایثارگران انقلاب اسلامی
2- کمیته امداد امام خمینی (ره)
3- سازمان تبلیغات اسلامی
4- دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم
5- بنیاد مسکن انقلاب اسلامی
6- بنیاد مستضعفان انقلاب اسلامی
7- ستاد اجرایی فرمان امام خمینی(ره)
8- مرکز خدمات حوزه‌های علمیه
9- موسسه پژوهشی فرهنگی انقلاب اسلامی
10- جامعه المصطفی (ص) العالمیه
شرکت‌های زیرمجموعه نهادها مالیات می‌پردازند
سید کامل تقوی نژاد رئیس سازمان مالیاتی پش از این با اشاره به معافیت مالیاتی بنیادها و نهادهای انقلاب مطابق ماده ۲ قانون مالیات های مستقیم گفته بود: «شرکت های وابسته به این نهادها موظف به پرداخت مالیات می باشند.
این نهادها خود فعالیت اقتصادی چندانی ندارند و فعالیت های اقتصادی آنها عمدتا در قالب شرکت ها و در بخش های تولیدی و بازرگانی انجام می شود که مطابق قانون موظف به پرداخت مالیات می باشند. که با توجه به وضعیت سود و زیان این شرکت ها و صورت های مالی آنها، مالیات دریافتی از آنها در هر سال متغیر خواهد بود. و تاکنون مالیات دریافتی از نهادها و بنیادهای انقلابی مطابق برنامه انجام شده است.»
نهادهای خوشحساب مالیاتی
همچنین تقوی‌نژاد در حاشیه یازدهمین همایش سیاست‌های مالی و مالیاتی ایران با بیان این که شرکت‌های وابسته به نهادهای انقلابی از مودیان خوشحساب مالیاتی به حساب می‌آیند گفت: کلیه شرکت‌های وابسته به نهادها مثل ستاد اجرایی فرمان امام و فعالیت‌های اقتصادی قرارگاه خاتم مشمول مالیات هستند.
وی اضافه کرد: این شرکت‌ها مانند همه مودیان در وقت مقرر اظهارنامه خود را به سازمان مالیاتی ارائه می‌کنند و مالیات خود را به موقع پرداخت کرده‌اند.
تقوی‌نژاد تاکید کرد: شرکت‌های وابسته به نهادهای انقلابی جزو مالیات‌دهندگان خوب و خوشحساب هستند.
همچنین به نقل از رسانه مالیاتی ایران، نادر جنتی، با اشاره به ماده 2 قانون مالیات های مستقیم تصریح کرد: به استناد تبصره‌های این ماده قانونی، کلیه فعالیت های اقتصادی بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی و همچنین وزارتخانه ها و شهرداری ها به هر نحوی، مشمول پرداخت مالیات بوده و معافیتی ندارند.
وی اظهار داشت: بر همین اساس، نهادها و بنیادهای انقلاب اسلامی، مالیات عملکرد کلیه فعالیت های اقتصادی خود و همچنین کلیه مالیات های تکلیفی و ارزش افزوده را پرداخت می نمایند.
معاون مالیات های مستقیم سازمان امور مالیاتی کشور، با اشاره به انتشار خبری در رسانه ها در خصوص معافیت مالیاتی بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی از سوی سازمان امور مالیاتی کشور، عنوان داشت: فعالیت اقتصادی بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی وفق ضوابط و مقررات قانونی مشمول مالیات می‌باشد.
وی تصریح کرد: به استناد تبصره 1 ماده 2 قانون مالیات های مستقیم، شرکت هایی که تمام یا قسمتی از سرمایه آنها متعلق به وزارتخانه ها یا بنیادها و نهادهای انقلاب اسلامی می باشد، سهم درآمد یا سود آنها نیز وفق قوانین و مقررات مشمول مالیات است.
طبق ماده ۲ قانون مالیات‌های مستقیم، ۱۰ نهاد و بنیاد از پرداخت مالیات معاف هستند اما طبق همان قانون، معافیت مالیاتی ۱۰ نهاد یاد شده صرفا شامل خود آنها بوده و شرکت‌های زیرمجموعه این نهادها که دارای فعالیت اقتصادی و سودآور هستند شامل هیچ نوع معافیت مالیاتی نمی‌شوند مطابق قانون مالیات خود را می‌پردازند.