طرح رجیستری هنوز از خوان اول نگذشته دچار مشکلات زیادی شده است. پس از آنکه مشخص شد گوشی‌های آی‌فون ثبت شده رسمی در گمرک اساسا در این طرح ثبت نشده و به اشتباه مسدود شده‌اند حالا مشخص شده که برخی گوشی‌هایی که قبل از آغاز طرح فعال شده بودند هم حالا پیامک عدم رجیستری دریافت کرده یا مسدود شده‌اند.
به گزارش ایران آنلاین؛ مسدود شدن اشتباهی گوشی‌ها در طرح رجیستری کسانی که گوشی‌هایشان قطع شده یا باید به سازمان تعزیرات شکایت کنند که فروشندگان به آنها گوشی رجیستر نشده فروخته‌اند یا خود با تلفن ۰۹۶۳۶۶ تماس بگیرند و مشکل گوشی خود را ثبت کنند.
با این حال مشترکانی که دچار مشکل شده‌اند می‌گویند که تعداد کم پشتیبانان این طرح پاسخگوی تماس‌گیرندگان نیست.
فریدی یک دارنده گوشی آی‌فون ۸ گفت: من در آبان گوشی خودم را خریدم و همان موقع سیم‌کارت انداختم و هنوز طرح رجیستری فعال نشده بود اما امروز اس ام اس رجیستر نشدن گوشی و مهلت یک ماهه تا مسدود شدن آن را دریافت کردم. وقتی با سامانه همتا تماس گرفتم دیدم نفر هفتادوپنجم در صف انتظار هستم و به نظر می‌رسد با سامانه‌‌ای با امکانات محدود و طرحی بسیار ناهماهنگ مواجهم.
برخی کاربرانی که گوشی خود را در گمرک ثبت کرده‌اند نیز می‌گویند گوشی‌شان به‌رغم پرداخت قانونی هزینه رجیستری در گمرک بعد از یک ماه قطع شده و به‌رغم اطلاع مسوولان از بروز این مشکل هنوز گوشی‌ها مسدود است. طرح رجیستری را چندین نهاد از جمله وزارت ارتباطات، گمرک ایران، وزارت صنعت و ستاد مبارزه با قاچاق کالا اجرا می‌کنند. مسوولان وزارت ارتباطات و ستاد مبارزه با قاچاق مراحل اولیه اجرای این طرح را موفقیت‌آمیز خوانده‌اند.