«در حالی گفته می‌شود مرمتِ مسجد سپهسالار فقط به یک دیوار و تعمیر سرویس‌های بهداشتی محدود شده، که براساس تصاویر منتشر شده از یک بازدید به نظر می‌رسد متولیان مرمت فضای داخلی مسجد را نیز در دستور کار دارند.»
به گزارش ایسنا، خرداد ۹۴ برای نخستین‌بار اعلام شد همسایه دیوار به دیوار بنای تاریخی سپهسالار قدیم عرصه و حریم درجه یک این مسجد مدرسه را مخدوش کرده و از سوی دیگر جرزهای این مدرسه‌ی باقی مانده از سده ۱۳ هجری را نیز تراشیده‌است. ساخت مجتمعِ تجاری در بازار تهران و پشت بنای تاریخی و ارزشمند سپهسالار قدیم که حالا حوزه‌ی علمیه «مروی» است و از سمت غرب به مدرسه «خان مروی» می‌رسد، باعث تعرض به این بنای ارزشمند شده است.
اکنون نیز اگر گذرتان به کوچه مروی، مسجد سپهسالار قدیم بیفتد و از لای شکاف در ورودی نگاهی به داخل بیندازید با انبوهی از نخاله‌های ساختمانی مواجه می‌شوید که در نگاه نخست مرمت کامل یک بنای تاریخی را به ذهن می‌آورد، اما معاون میراث فرهنگی استان تهران حرف دیگری دارد.
سپیده سیروس‌نیا، معاون میراث فرهنگی اداره‌کل میراث فرهنگی استان تهران، درباره‌ی روند انجام اقدامات مرمتی این بنای تاریخی به ایسنا می‌گوید: در حال حاضر اقدامات مرمتی در این بنای تاریخی انجام می‌شود، اصلا به فضاهای داخلی مانند حجره‌ها کاری ندارند.
او از مهمترین اقدامات مرمتی کنونی در این فضا را ایجاد سرویس بهداشتی در بخش غیر تاریخی این مسجد مدرسه‌ی قدیمی می‌داند و می‌گوید: همه‌ی نخاله‌های ریخته شده در حیاط پشتی این بنا، متعلق به سرویس بهداشتی در دست تعمیر است.
وی با اشاره به وارد شدن خدشه به دیوار ضلع شمالی مسجد مدرسه سپهسالار قدیم براثر ساخت و ساز ملک مجاور آن در طول یکی دو سال گذشته، بیان می‌کند: براثر آن ساخت‌وساز، به نوعی دیوار مدرسه آسیب دیده بود که اکنون مراحل مرمت آن نیز در حال انجام است.
معاون میراث‌فرهنگی استان تهران، تاکید می‌کند: انجام هر نوع عملیات مرمتی دیگر در فضای داخلی این بنای قدیمی و ارزشمند نیاز تهیه طرح مرمتی و تائید توسط شورای فنی میراث فرهنگی استان تهران است.
به گفته‌ی سیروس‌نیا، متولیان این مسجد مدرسه نباید به ساختار اصلی نخستین مسجد سپهسالار تهران دست بزنند.
سده ۱۳ هجری مسجد «میرزا محمدخان سپهسالار» در یکی از کوچه‌های فرعی «مروی» امروز ساخته شد، اما با ساخت مسجد و مدرسه میرزا «حسین‌خان مشیرالدوله»، به عنوان مسجد و مدرسه سپهسالار در میدان بهارستان، ان مسجد قدیمی «سپهسالار قدیم» نام گرفت.
این بنای ناصر الدین شاهی که ۱۱ بهمن ۱۳۳۴ در فهرست آثار ملی به ثبت رسید، مجموعه‌ای از آثار «میرزا محمدخان قاجار دولوکشیکچی» است. نقشه این مدرسه شبیه مساجد چهار ایوانی و دارای دو شبستان زمستانی با سقف کوتاه و به عنوان مدرسه و شبستان تابستانی در ضلع جنوبی با سقف بلند به عنوان مسجد استفاده می‌شود. این شبستان از نظر معماری اهمیت زیادی دارد. این مدرسه‌ی تاریخی ۱۹ حجره دارد که هشت حجره‌ی آن در حال حاضر به امور اداری و مدرسه اختصاص یافته است.
هر چند دو موذن‌گوی چوبی روی دو مناره‌ی این بنای تاریخی چند سال قبل به دلیل طوفان شدید ریزش کرد و روی سردر ورودی مدرسه افتاد، اما برخی قسمت‌های دیگر این بنای تاریخی نیز به دلیل گذر زمان به مرمت و رسیدگی نیاز داشته که به نظر می‌رسد متولیان آنف کار مرمت این بنا را آغاز کرده‌اند.
احمد مسجد جامعی، عضو شورای شهر تهران نیز از جریان روند مرمت این مدرسه که بر اساس تصاویر منتشر شده از این بازدید به نظر می‌رسد به فضاهای داخلی مسجد نیز وارد شده، دیدن کرده است.
به گزارش ایسنا، از سوی دیگر در اواسط کوچه مروی و درست مقابل مسجد مروی که امروز به عنوان حوزه علمیه مروی شماره یک شناخته می‌شود گودبرداری عمیقی شده و به نظر می‌رسد در حال ساخت یکسری تجهیزات برای این مسجد مدرسه هستند.