آیت‌الله موسوی خوئینی‌ها در کانال تلگرامی خود درباره «علت انشعاب مجمع روحانیون از جامعهٔ روحانیت چه بود؟» نوشت:
اگر بخواهم بدون ارزش‌گذاری و تنها به‌عنوان یک ناظر بیرونی به این انشعاب نگاه کنم، این‌گونه توضیح می‌دهم که عملکرد این دو مجموعهٔ روحانی خود نشان‌دهندهٔ آن است که حق با حضرت امام (رض) بود که با این انشعاب موافقت کردند و معتقد بودند که این دو نمی‌توانند زیر یک سقف فعالیت کنند.
نگاهی به اسامی مندرج در فهرست‌های انتخاباتی هریک از این دو مجموعه نشان می‌دهد که دارای دو دیدگاه متمایز از هم هستند. اعضای مجمع روحانیون، پیش از تشکیل آن، همگی از حامیان بدون تردیدِ دولت آقای مهندس موسوی -که هر کجا هست، خدایا به سلامت دارش- بودند و هیچ‌یک از کسانی که، پس از تشکیل مجمع، به عضویت آن درآمدند و نیز افرادی که در فهرست‌های انتخاباتی مورد حمایت مجمع قرار گرفتند در فهرست معروف ۹۹ نفر نبودند.
در انتخابات ریاست جمهوریِ پس از رحلت حضرت امام (رض)، مجمع روحانیون از مرحوم آیت‌الله هاشمی، که در آن زمان عضو جامعۀ روحانیت بود، حمایت کردند، ولی آینده نشان‌داد که جوهر افکار آن مرحوم به مجمع نزدیک‌تر بود تا به جامعه.
مجمع روحانیون در پروندهٔ فعالیت سیاسی خود حمایت از ریاست جمهوری جناب آقای خاتمی را دارد و جامعهٔ روحانیت حمایت از آقای احمدی نژاد را؛ مجمع روحانیون امروز هم همچنان به آن حمایت خود وفادار است، ولی گویا جامعه از آن حمایت هنوز لب می‌گزد.
پس از انتخابات ۸۸، هرچند که ابر و باد و مه و خورشید و فلک به کار گرفته‌شد تا یک جریان و جناح سیاسی نیرومند را از صحنهٔ سیاسی کشور حذف کنند یا آن را بی‌اثر سازند، ولی مجمع روحانیون و دیگر دوستانشان -به لطف خداوند- تدبیری به کار گرفتند که اجازه ندادند کشور برای بار دوم به سوی احمدی‌نژاد دیگری فروغلتد.
من هنوز به پایان دو فهرست عملکرد مجمع و جامعه نرسیده‌ام، اما آیا همین اندازه کافی نیست تا نشان‌دهد که این انشعاب باید اتفاق می‌افتاد.
در آغاز اشاره کردم که من در پی ارزش‌گذاری نیستم و نمی‌خواهم سبب رنجش دوستانِ جامعه شوم؛ تنها در مقام آن هستم که بگویم این دو مجموعهٔ روحانیْ حامل دو پیام، دو دیدگاه، و دو روش در مدیریت کشورند و نگاهشان به حکومت و حق حاکمیتِ مردم دو گونه است. نگاه این دو مجموعه به دخالت و ورود نیروهای مسلح در امور سیاسی دو گونه است؛ نگاهشان به میزان ورود و دخالت شورای نگهبان در امور مربوط به انتخابات دو گونه است؛ نگاهشان به اصل طلایی «میزانْ رأی ملت است» دو گونه است؛ مجمع معتقد است تمام سازوکارهای لازم باید به کار بسته شود تا این اصل شرعی و عقلانی در ادارهٔ امور کشور تجلی عینی پیدا کند و تحقق این اصل با هیچ‌گونه توجیه شرعی، مصلحتی و... خدشه‌دار نشود.
حامیانِ مجمع روحانیون هرگز اعتقاد به ضرب‌وشتم مخالفان خود نداشته‌اند، ولی حامیان جامعه و دیگر اصول‌گرایان از ضرب‌وشتم مخالفان خود و نثار زشت‌ترین کلمات به آنان، پیش از ۸۸ و پس از آن، دریغ نکردند. اگر فهرستی از این‌گونه رفتارهای حامیان جریان رقیب داده شود، قطعاً موجب وهن نظام خواهد شد؛ به همین جهت از آن درمی‌گذرم.
تفاوت‌های دیگری را نیز می‌توان برشمرد تا بیشتر نشان داده شود که حق با کسانی بود که این پیشنهاد را دادند و نظر موافق امام هم آنان را در انجام آن کار قوی‌دل کرد. بجا است خاطره‌ای را نیز اضافه‌کنم: روزی اعضای مجمع روحانیون مهمان مقام معظم رهبری بودند. ایشان در شروع صحبتشان سراغ همین انشعاب رفتند و گفتند که ما در اول موافق نبودیم، اما بعداً دیدیم که نظر حضرت امام درست بوده است.