نماینده مردم تهران در مجلس شورای اسلامی با انتقاد از حکم صادره توسط دادگاه بدوی رسیدگی به پرونده متهمان حادثه شیراز گفت که شکایت جدیدی را علیه آمران آن حادثه اقامه کرده که به زودی به مرجع قضایی ابلاغ می‌شود.
علی مطهری در نوشتاری که آن را در اختیار ایسنا گذاشته همچنین آورده است:
«رأی دادگاه حادثه شیراز به نظر من برای مهاجمان، با رأفت و ارفاق بود و برای دانشگاهیان عادلانه نبود و اصلا دانشگاهیان نباید محاکمه می‌شدند چون نقشی در آن حادثه نداشتند. بنده درخواست تجدیدنظر با هدف تشدید مجازات مهاجمان نخواهم داد چون فکر می‌کنم آنها متنبّه شده و از کرده خود پشیمان‌اند و فهمیده‌اند که ابزار واقع شده‌اند خصوصا که آنها در اعترافات خود نام تعدادی از آمران و دستوردهندگان را ذکر کردند. به دلایلی که عرض کردم و با توجه به این که احکام مهاجمان، تعلیقی است و مجازات زندان و شلاق آنها فعلا اجرا نمی‌شود رضایت دادن بنده هم فعلا موضوعیت ندارد. ضمنا بهتر بود دادگاه به دادخواست ضرر و زیان ناشی از جرم، صرفا بابت ایاب و ذهاب وکیل اینجانب رأی مثبت می‌داد تا این هزینه‌ها جبران می‌شد.
البته من شکایت جدیدی علیه آمران آن حادثه که مقصر اصلی هستند اقامه کرده‌ام که به زودی توسط وکیل بنده جناب آقای همدانی به مرجع قضایی در شیراز ابلاغ خواهد شد. همچنین من امیدوارم که احکام مربوط به دانشگاهیان در دادگاه تجدیدنظر نقض شود.»