در پی سخنان سردار جعفری ، فرمانده کل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، علی مطهری نماینده مجلس شورای اسلامی، نامه ای به وی نوشت که متن کامل آن در زیر می آید:
سردار محمدعلی جعفری دامت برکاته
فرمانده محترم سپاه پاسداران انقلاب اسلامی
با اهداء سلام و آرزوی توفیق بیشتر برای جناب‌عالی و سایر برادران عزیز پاسدار در پیشبرد اهداف انقلاب اسلامی، اظهارنظر جناب‌عالی درباره سخن رئیس جمهور محترم در خصوص نقش شورای نگهبان در برگزاری انتخابات را ملاحظه کردم.
خیرخواهی و احساس مسئولیت جناب‌عالی نسبت به آرمانهای انقلاب اسلامی بر همگان روشن است لکن قطع‌نظر از درستی یا نادرستی انتقاد آن مقام محترم، ورود سپاه پاسداران به عالم سیاست و لوازم آن مانند انتخابات، به صلاح کشور و نیروهای مسلح و انقلاب اسلامی نیست، زیرا موجب اختلاف و دو دستگی در سپاه می‌شود.
امام خمینی(ره) در دیدار با مربیان سپاه فرموده‌اند:
«باید سعی کنید جهات سیاسی در سپاه وارد نشود، که اگر افکار سیاسی وارد سپاه شود جهات نظامی آن از بین می‌رود. همیشه به سپاه سفارش کنید که آنها خودشان را یک جنگنده خدمتگزار مردم بدانند.» (صحیفه امام، جلد 18، ص 45) در جای دیگر فرموده‌اند:
«برای سپاهی‌ها جایز نیست که وارد بشوند به دسته‌بندی و آن طرفدار آن یکی، دیگری طرفدار آن یکی. به شما چه ربط دارد که در مجلس چه می‌گذرد؟ در امر انتخابات باز هم به من اطلاع دادند که بین سپاهی‌ها باز صحبت هست، خوب انتخابات در محل خودش دارد [برگزار] می‌شود، جریانی دارد، به سپاه چه کار دارد که آنها هم اختلاف پیدا کنند، این برای سپاه جایز نیست، برای ارتش جایز نیست. سپاهی را از آن تعهدی که دارد، از آن مطلبی که به عهده اوست باز می‌دارد و همین‌طور ارتش را.» (صحیفه امام، جلد 19، ص12). گذشته از این، اگر قرار بر پاسخگویی جناب‌عالی به رئیس جمهور بود، باید استدلال ایشان را پاسخ می‌دادید. جان کلام رئیس جمهور این بود که هر قدر در بررسی صلاحیت‌ها بیشتر سخت‌گیری شده است مجالس ضعیف‌تر شده‌اند.
مجلس اول که قبل از تشکیل شورای نگهبان و با نظارت شورای انقلاب تشکیل شد و طی آن فقط افرادی که فساد اخلاقی یا فساد سیاسی مانند جاسوسی و یا فساد اقتصادی بزرگ داشتند رد صلاحیت شدند و در آن، همه گروه‌های موافق و مخالف حضور داشتند قوی‌ترین مجالس بعد از انقلاب بود و بنابراین می‌توان به انتخاب مردم اعتماد کرد.
ولی جناب‌عالی به جای پاسخ به این استدلال، فرموده‌اید: «کسانی که از مسیر همین شورا و با بلندنظری و منش غیرجناحی اعضای آن، فرصت ظهور در عرصه مدیریت کشور را یافته‌اند، باید گفتار سنجیده‌تری داشته باشند.» گویی بر جناب آقای روحانی، رئیس جمهور، منت گذاشته و گفته‌اید به جای این حرفها خدا را شکر کنید که از سر لطف و اغماض شورای نگهبان از این فیلتر و صافی عبور کردید؛ در حالی که این چه لطف و اغماضی است که کسی که هجده میلیون رأی داشته و اگر انتخابات به دور دوم می‌کشید شاید سی میلیون رأی داشت، رد صلاحیت نشده است؟ این سخن، نوعی تضعیف شورای نگهبان و قرار دادن آن در مقابل مردم است.
حسن نیت جناب‌عالی در پاسداری از دستاوردهای انقلاب اسلامی بر کسی پوشیده نیست ولی این پاسداری ظرافت‌هایی دارد که نکته‌ای از آن در کلام امام (ره) گذشت و باید به آن پایبند بود.
برای آن فرمانده گرانقدر و مجموعه مبارک سپاه پاسداران توفیقات بیشتر در مقابله با دشمنان انقلاب اسلامی خصوصا صهیونیسم از خدای متعال خواستارم.
با تقدیم احترام
علی مطهری