با انتشار ایمیل‌های داخلی شبکه الجزیره، اختلافات روزنامه‌نگاران عرب و غربی این شبکه بر سر حمله تروریستی به نشریه «شارلی ابدو» آشکار شد.
به نوشته شبکه فرانسوی « فرانس ۲۴»، صلاح‌الدین خدر، سردبیر شبکه الجزیره در ایمیلی خطاب به همه روزنامه‌نگاران این شبکه از «هر چه بهتر پوشش دادن» این رویداد سخن گفته و در همین حال شعار «من شارلی هستم» را «مغشوش» عنوان کرده است.
سردبیر الجزیره توصیه می‌کند که این رویداد نه به‌عنوان «حمله به آزادی بیان»، که به عنوان «برخورد بین دو جبهه افراطی» معرفی شود.
صلاح‌الدین خدر نوشته است: «دفاع از آزادی بیان در برابر فشار یک چیز است؛ مطالبه حق نفرت‌افزایی و توهین فقط به دلیل این‌که توانایی آن را دارید، موضوع دیگری است که کودکانه است.»
وی همچنین افزوده است: «اگر روش شما توهین به میلیون‌ها نفر معتدل باشد، تحریک تندروها یک حرکت شجاعانه نیست. در فضایی که پاسخ خشونت‌آمیز – اگر چه نامشروع – خطر واقعی است، اتخاذ چنین موضعی درباره اصلی که در عمل کسی با آن مخالف نیست، بی‌نتیجه است.»
برخی از نمایندگان شبکه الجزیره در ایالات متحده و بریتانیا این پیام سردبیر شبکه را مورد انتقاد قرار دادند و در مورد آن با همکارنشان سخن گفتند.
خانم جکی رولاند، نماینده الجزیره در پاریس که یکی از روزنامه‌نگاران سابق بی‌بی‌سی است به این ایمیل با استفاده از صفحه توئیتر «روزنامه‌نگاری یک عمل جنایتکارانه نیست» پاسخ داده است.
این موضوع با رد و بدل کردن نقطه‌نظرات مختلف که نشان‌دهنده شوک فرهنگی در بین روزنامه‌نگاران غربی شبکه الجزیره و همتایان عرب‌شان است، دنبال شد.
تام آکرمن، نماینده الجزیره در آمریکا نیز در ایمیلی به پاراگرافی از بلاگ هفتم ژانویه روس داوتات، منتقد فیلم، رجوع داد که گفته بود کارتون‌هایی که موجب شدند اسلامگرایان تندرو دست به کشتار بزنند باید منتشر شوند «چرا که قاتلان حتی برای لحظه‌ای نباید بیندیشند که استراتژی‌شان موفق شده است.»
روزنامه‌نگاران عرب شبکه الجزیره در پاسخ‌های خود از نظرات سردبیر دفاع کردند. برخی از آن‌ها حتی برخورد تندتری داشتند، از جمله محمد والسالم که برای بخش عربی الجزیره کار می‌کند گفته است: «اگر شما به یک میلیارد و نیم مسلمان توهین کنید از این‌که یک یا دو نفر از میان آن‌ها بخواهند شما را بکشند شگفت‌زده نشوید. توهین، روزنامه‌نگاری نیست.»
براساس متن منتشر شده در رادیو زمانه، او گفته است جنایت حمله به دفتر «شارلی ابدو» را محکوم می‌کند اما در ادامه افزوده است: «من شارلی ابدو نیستم».
عمر الصالح، روزنامه‌نگار دیگر الجزیره نیز از همین زاویه به موضوع پرداخته و گفته است: «روزنامه‌نگاری یک عمل جنایتکارانه نیست اما توهین هم روزنامه‌نگاری نیست.»
حمله تروریستی به دفتر نشریه طنز «شارلی ابدو» روز چهارشنبه ۷ ژانویه توسط سعید و شریف کواشی انجام شد و جان ۱۲ نفر، از جمله چهار کارتونیست نامدار این نشریه را گرفت. این دو برادر روز جمعه ۹ ژانویه پس از ۹ ساعت گروگان‌گیری در یک چاپخانه به‌دست پلیس کشته شدند.
دست‌اندرکاران این نشریه معتقد بودند که هیچ چیز از طنز مصون نیست و درباره تمام مسائل اجتماعی می‌توان شوخی کرد.