روزنامه «جوان» در یادداشتی در نقد نامه «علی مطهری» به رئیس جمهور نوشت:
نامه سرگشاده علی مطهری، نماینده مجلس که می‌کوشد با اظهارات جنجالی خود را در معرض رسانه‌ها قرار دهد، به رئیس‌جمهور حاوی نکاتی است که در خور تأمل و بررسی است:
1- وی در ابتدای این نامه با اشاره به حصر سران فتنه می‌کوشد در مبنای حصر آنها تشکیک ایجاد کند و با عبارات «ممکن است حکم اولیه شورای عالی امنیت ملی مبنی بر حصر خانگی این دو که در شرایط اضطراری صادر شده، برای مدت موقت - مثلاً یک ماه - و تا زمان بازگشت شرایط عادی به جامعه، قابل پذیرش باشد اما ادامه آن بدون حکم قضایی قطعا وجاهت قانونی، شرعی و اخلاقی ندارد و خلاف فصل سوم قانون اساسی است. » حکم حصر دو فرد نامبرده را زماندار معرفی می‌کند. در حالی که این ادعایی بیش نیست و علی مطهری هیچ دلیلی برای اثبات این ادعای خود نمی‌آورد. جالب اینجاست که وی خود در این فراز از واژه «ممکن است» بهره می‌برد که به خوبی عدم قطعیت و تردید خود مدعی را نیز نشان می‌دهد.
2- وی در ادامه به همین بسنده نمی‌کند و پا را فراتر می‌نهد و زبان طعن به نظام اسلامی می‌گشاید. «اصولا این یک سنت غلط در جمهوری اسلامی بوده است که منتقدان خوش سابقه در انقلاب را که احیاناً اتهامی متوجه آنها بوده است، به جای رسیدگی به اتهامشان در حصر قرار داده‌ایم بدون آنکه ضرورتی داشته باشد. » بازهم مغالطه‌ای از سوی کسی که خود با اصول منطق بحث آشناست، صورت گرفته و بر اساس دو مصداق ناقص یک قاعده کلی انتاج شده است. مطهری در این فراز با به کار بردن واژه «اصولا» می‌کوشد ادعای بی‌مبنای خود را تعمیم دهد.
3- مطهری که پیش‌تر در قامت یک فلسفه خوانده، عدم پایبندی به منطق صحیح را نمایان ساخته بود، در ادامه خود را در قامت یک حقوقدان می‌پندارد و تلاش می‌کند با برداشت‌های سطحی از چند اصل قانون اساسی چنین ادعا کند که نه تنها ادامه حصر سران فتنه، قانونی نیست، بلکه این حصر از ابتدا نیز بدون مبنای حقوقی بوده است. او در همین راستا به اصل یکصد و شصت و هشتم استناد می‌کند که بر طبق آن «رسیدگی به جرایم سیاسی و مطبوعاتی علنی است و با حضور هیئت منصفه در محاکم دادگستری صورت می‌گیرد.» البته مطهری به این سؤال مهم پاسخ نمی‌دهد که آیا اقدامات ضدامنیتی سران فتنه که به ایجاد و گسترش ناامنی در کشور انجامید چه سنخیتی با موضوعی همچون جرائم سیاسی دارد؟ یا اینکه در کجای دنیا اقدام علیه امنیت کشور به مثابه جرم سیاسی تلقی می‌گردد؟
4- در ادامه این نامه جنجالی او می‌کوشد ردای یک معلم اخلاق به تن کند و از آنچه هتک حیثیت و حرمت سران فتنه می‌خواند، ابراز انزجار می‌کند. او به این سؤال مهم پاسخ نمی‌دهد که اولاً اگر واقعاً سران فتنه از آمریکا و انگلیس بیزار بوده‌اند که اتهام اتصال آنها به این قدرت‌ها توهین تلقی شود، چرا در همان زمان که سران نظام سلطه به حمایت‌های آشکار از اینها پرداختند، راه خود را از آنها جدا نکردند و ثانیاً مگر کسی می‌تواند گناه بزرگ فتنه‌گران در جسارت به ساحت حضرت اباعبدالله (ع) و حضرت امام (ره) را فراموش کند، که علی مطهری به دنبال تشکیک در آن است؟
5- مطهری که خود حکم شورای عالی امنیت ملی را نمی‌پذیرد و با استناد به اصول قانون اساسی، آن را فاقد وجاهت می‌انگارد، آنگاه خود را دادستان پنداشته و به صدور قرار روی می‌آورد. در همین راستا وی رئیس‌جمهور سابق و نهادهای حکومتی را متهم فتنه معرفی می‌کند. او حتی پا را فراتر نهاده و در قامت یک قاضی حکم صادر می‌کند و از منشأ فتنه سخن به میان می‌آورد. آیا نباید پرسید مطهری چگونه چنین صلاحیتی را در خود یافته که در چنین جایگاهی قرار گیرد؟
6- نامه مذکور مشحون از ادعاهای بی‌اساس و گاه مضحکی است که معلوم نیست نویسنده محترم بر چه مبنایی آنها را ارائه کرده است. نویسنده در عبارتی شگفت‌آور و البته بی‌اساس ادعا می‌کند «فتنه 88 در ایران حکم هولوکاست در اروپا و آمریکا را پیدا کرده است که فقط یک سخن باید گفته شود و کسی حق تحلیل متفاوت و تحقیق درباره ریشه‌ها و عوامل گوناگون آن را ندارد. » آیا نویسنده محترم از خود نمی‌پرسد اگر در جمهوری اسلامی حق انتقاد وجود ندارد یا موضوعی همچون فتنه 88، مشابه هولوکاست در غرب است، چگونه شخصی همچون علی مطهری این اجازه را یافته که در طول پنج سال گذشته رسماً تحلیلی کاملاً متفاوت و البته وارونه از فتنه 88 ارائه کند که البته بر مبنای این تحلیل مسئولان قانونی کشور، مسبب فتنه شمرده می‌شوند و در خلال این سال‌ها او آزادانه به کار خود ادامه داده است؟ آیا خواننده بی‌طرف و منصف حق ندارد از نویسنده بپرسد اگر واقعاً در نظام جمهوری اسلامی آزادی انتقاد و به اصطلاح دگراندیشی نیست، چگونه شما مجال همین اقدام را یافته‌اید. آیا این چیزی جز مغالطه آشکار دیگری در ادعای نویسنده نیست؟ آیا نباید به خاطر همین ادعای بی‌اساس در کلیت این ادعاها تردید کرد؟
همانگونه که از سابقه مطهری پیداست اظهارات جنجالی وی، فاقد هرگونه ارزش تعمق و پاسخگویی اساسی است، اما تجربه نشان داده این اظهارات خوراک رسانه‌ای ضدانقلاب را تا چند روز تأمین می‌کند. آیا نباید از مطهری پرسید که در حال ریختن آب به آسیاب چه کسی است؟