تاریخچه آیین قالیشویان از چند منبع مورد بررسی است. یکی روایت و نقل قول‌های مردمی است، که سینه‌به‌سینه به زمان حضرت امام محمد باقر(ع) نسبت می‌دهند. می‌گویند از همان زمانی که سلطانعلی به شهادت رسیده، هر سال این آیین برگزار می‌شود. منبع دیگر تذکره امامزاده است، که وقایع و زمان وقایع را تشریح کرده است. منبع سوم متون و تحقیقات مورخان و نویسندگان است که قدمت آن را به سده اول هجری قمری نسبت می‌دهند. البته برخی از محققان و نویسندگان سابقه آیین قالیشویان را در جشن مهرگان و آیین‌های کهن ایرانی ریشه‌یابی می‌کنند.
در این آیین عزاداران (چوب به دستان) قالی مقدس را به عنوان نمادی از پیکر سلطان علی بن باقر (ع) بر دوش خود گرفته به طرف چشمه آبی می برند و با پاشیدن آب و شستن قالی آن را در پناه چوب ها روی دست گرفته و به سمت مرقد باز می گردانند.