اخیرا مظفر عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام و وزیر اسبق آموزش و پرورش در گفت‌وگویی به ذکر خاطراتی از فعالیت‌های خود پرداخته است. وی در خاطرات خود اظهاراتی نیز درخصوص عطاالله مهاجرانی، وزیر ارشاد دولت خاتمی بیان کرده که با واکنش مهاجرانی مواجه شده است.
به گزارش ایسنا، مظفر گفته بود: اول شهریور، کار دولت آقای خاتمی شروع شد. روز دوم کار دولت حضرت آقا ملاقات دادند و خدمت ایشان رفتیم. در آنجا ایشان یک‌سری رهنمودهای عمومی را دادند. نمی‌دانم حضرت آقا راضی هستند که این جلسه را بگویم یا نه. شما هم با احتیاط مطرح کنید. به نظرم جمله بدی نیست و پیش‌بینی‌های خیلی خوب حضرت آقا را می‌رساند. ایشان فرمودند دوربین‌ها را خاموش کنید و خبرنگارها نباشند، چون با شما حرف خصوصی دارم. همه منتظر ماندیم که حضرت آقا چه می‌خواهند بفرمایند. یک مرتبه فرمودند من می‌خواهم با آقای مهاجرانی صحبت کنم و فرمودند آقای مهاجرانی! من شما را خوب می‌شناسم، دیدگاه‌هایتان را هم می‌شناسم و به آنها نقد هم دارم. نمی‌خواستم مقابل آقای خاتمی ایستادگی کنم و نگذارم شما را وزیر کند اما با توجه به شناختی که از شما و دیدگاه‌هایتان دارم نمی‌خواهم در کارهایتان کاری کنید که ضد انقلاب خوشحال شود. یک مرتبه همه حیرت کردند چون آقای مهاجرانی به عنوان یک نیروی فرهنگی مطرح بود و ماهیتش آشکار نشده بود که اینقدر به فضاحت بیفتد که از ملک عبدالله پول بگیرد. انسان واقعا چقدر افت می‌کند و به حضیض ذلت می‌افتد. بعد یک مرتبه فرمودند دوست دارم موضع‌گیری‌هایتان مثل آقای مظفر باشد که وقتی صحبت می‌کند روح و جان آدم از ارزش‌های صحبت‌های ایشان لبریز می‌شود. می‌خواهم مثل ایشان باشید. خیلی کیف کردم و فهمیدم خطی را که دارم می‌روم مورد تایید حضرت آقاست.
اما مهاجرانی ضمن تکذیب اظهارات مظفر، روایت دیگری از این جلسه را بیان کرده است که در ادامه می‌خوانید: در آن جلسه، در صحبت مقام رهبری پیرامون دولت جدید که تمرکز سخن درباره جناب آقای خاتمی و ذکر خیری از پدر ایشان بود، ناگاه رهبری فرمودند مثلا این آقای مهاجرانی! من ایشان را خیلی خوب می‌شناسم. اصلا ایشان را من خودم به عنوان وزیر به آقای خاتمی معرفی کردم. آقای خاتمی یکی از آقایان علما را معرفی کرده بودند. آقای خاتمی ناگاه وارد بحث شدند و اشاره کردند ایشان هم از علما هستند ...
مهاجرانی در ادامه می‌نویسد: نقطه مرکزی هر دو روایت معرفی اینجانب به عنوان وزیر فرهنگ و ارشاد است. آقای مظفر فرموده‌اند آقای خاتمی مرا معرفی کردند و رهبری هم نخواستند در برابر آقای خاتمی بایستند. یعنی ایشان به عبارت دیگر از این معرفی ناخشنود بودند. بر عکس در آن جلسه رهبری فرمودند ایشان مرا معرفی کرده‌اند ...