سخنان خداد عادل در گزارشی دیگر: مدتها بود که وزارت علوم از جایگاه منقطی‌اش دور شده بود و هر زمان که صحبت از وزارت علوم به میان می‌آمد، صحبت از بحران می‌شد. اما آقای توفیقی بدون شعار، هیاهو و با آرامش تلاش کردند تا این وزارتخانه در جایگاه طبیعی‌اش قرار گیرد. در همه جای دنیا دانشجویان در سیاست دخالت می‌کنند.
«پرهیز از تنش و سیاست‌زدایی از ویژگی‌های توفیقی است، توفیقی با واقع‌بینی بسیاری از گره‌های کور مانده را با متانت حل کرد، توفیقی دانشگاه‌ها را به سمت ملایمت و عقلانیت برد»؛ اینها بازخوانی تمجید سه مسوول و چهره‌ی شاخص اصول‌گرا از عملکرد دکتر جعفر توفیقی در روز دوشنبه 7 شهریور ماه 1384 در مراسم تودیع او و معارفه‌ی وزیر اصول‌گرای جایگزین اوست؛ تا با برخی هجمه‌های این روزهای برخی از اعضای همین جناح مقایسه شود.
به گزارش ایسنا، به نقل از انصاف نیوز، تلاش تندروها برای جلوگیری از معرفی دکتر توفیقی، سرپرست فعلی وزارت علوم برای وزارت به مجلس است، اما دلایلی که می‌آورند با ویژگی‌هایی که خود آنها یا همراهان جناحی آنها پیشتر درباره ی دکتر توفیقی بر می‌شمردند نمی‌خواند. سخنرانان اصلی تودیع توفیقی این سه نفر بودند: غلامحسین الهام عضو وقت شورای نگهبان، همچنین غلامعلی حداد عادل رییس وقت مجلس و رییس کمیسیون فرهنگی مجلس نهم و شاخص‌ترین چهره‌ی مورد اعتماد جبهه‌ی پایداری، و زاهدی وزیر علومی که آن روز معارفه شد و امروز رییس کمیسیون آموزش مجلس نهم است. در زیر نظرات آن روز سخنرانان درباره‌ی توفیقی بدون هیچ دخل و تصرفی می‌آید:
دکتر محمدمهدی زاهدی، وزیر علوم جایگزین دکتر توفیقی در سال 84 و رییس کمیسیون آموزش مجلس فعلی گفت: دکتر توفیقی در طول حضور خود خدمات ارزنده‌ای را به جامعه دانشگاهی کشور عرضه کرد که رشد دوره‌های تحصیلات تکمیلی، توجه به بحث فناوریهای نو، تجاری‌سازی فناوری، تاسیس شورای عالی تحقیقات و فناوری، نمونه‌هایی از خدمات ارزنده ایشان در وزارت علوم است. پرهیز از تنش و سیاست‌زدایی از ویژگی‌های دکتر توفیقی است. باید همیشه با وسعت نظر به دنبال فرصت‌ها باشیم و در این زمینه به همه ابعاد نگاه کنیم و کاری کنیم که این فرصت‌ها در خدمت توسعه علمی کشور قرار بگیرد.
دکتر غلامعلی حداد عادل، رییس وقت مجلس شورای اسلامی ضمن ادای احترام و تقدیر از دکتر توفیقی وزیر سابق علوم، خاطر نشان کرد: دکتر توفیقی در یک زمان بسیار حساس در وزارت علوم حضور پیدا کرد، چرا که وزارت علوم قبل از ایشان از جایگاه منطقی خود دور شده بود و در دانشگاه‌ها به جای علم صحبت از بحران بود، ولی ایشان بدون شعار و هیاهو و با آرامش تلاش کردند تا این وزارت خانه را به سوی جایگاه طبیعی و منطقی خود هدایت کنند. دکتر توفیقی با واقع بینی بسیاری از گره‌های کور مانده وزارت علوم را با متانت حل کرد که نتیجه مثبت آن نیز عاید دانشگاهیان و کشور شد، به گونه‌ای که علاوه بر افزایش اعتبار و احترام ایشان کمترین برخورد و تضادی نیز با دیگران ایجاد نشد.
سخنان خداد عادل در گزارشی دیگر: مدتها بود که وزارت علوم از جایگاه منقطی‌اش دور شده بود و هر زمان که صحبت از وزارت علوم به میان می‌آمد، صحبت از بحران می‌شد. اما آقای توفیقی بدون شعار، هیاهو و با آرامش تلاش کردند تا این وزارتخانه در جایگاه طبیعی‌اش قرار گیرد. در همه جای دنیا دانشجویان در سیاست دخالت می‌کنند. اما همه اینها باید زمانی باشد که دانشگاه معنای واقعی خودش را که کسب دانش و علم است، حفظ کند. در غیر این صورت دانشگاه‌ها به باشگاه‌های هیاهو تبدیل خواهند شد. توفیقی کمترین برخورد و تصادم را با مجلس هفتم داشتند. ویژگی‌های اخلاقی و علمی آقای توفیقی بر کسی پوشیده نیست و ایشان از جایگاه علمی بالایی برخوردار بودند.
غلامحسین الهام، عضو شورای نگهبان و رییس دفتر رییس‌جمهور وقت نیز با تشکر از زحمات دکتر توفیقی در طول دوره ی قبول مسوولیت وزارت علوم، گفت: نباید این نکته ی مهم را در دوره ی کوتاه‌مدت ولی پربرکت ایشان فراموش کرد که وی در تندباد مطالبات حزبی توانست موقعیت حساس دانشگاه‌ها را به سمت ملایمت و عقلانیت پیش ببرد، همچنین در بحث وظایف و ساختار وزارت علوم نیز توانست این مساله را با درایت پیش برد و تلاش ایشان در فرهنگ و عرصه ی علمی کشور ماندنی است.