روزنامه بهار نوشت: یک «مقام آگاه امنیتی» از لغو ممنوعیت خروج سیدمحمد خاتمی خبر داد. به این ترتیب همان‌طور که حدود چهار سال پیش موضوع ممنوعیت خروج خاتمی به‌صورت غیررسمی و توسط یک «مقام اطلاعاتی نزدیک به دولت دهم» مطرح شده بود، لغو آن نیز به صورت غیررسمی اعلام شد. چه با وجود جلوگیری از سفرهای خارجی واضع طرح گفت‌وگوی تمدن‌ها، در سال‌های گذشته مقامات رسمی نه تنها ممنوع‌الخروج بودن او را تایید نمی‌کردند که انکار می‌کردند.
اوایل اسفند سال 88 و برای نخستین‌بار موضوع ممنوعیت خروج رییس‌جمهوری اسبق کشورمان را عباس امیری‌فر، دبیر اجرایی جامعه وعاظ تهران با نقل سخنان یک مقام اطلاعاتی مطرح کرد. او خبر داد که در جمع وعاظ تهران موضوع ممنوع‌الخروج شدن سیدمحمد خاتمی رییس بنیاد باران از کشور را اعلام کرده و گفته بود: «خاتمی اخیرا قصد خروج از کشور را داشته است.»
این خبر گرچه خیلی زود ازسوی بعضی نزدیکان دفتر سیدمحمد خاتمی تکذیب و گفته شد که او «اخیرا هیچ‌گونه تصمیمی به سفر نداشته که از سفر ایشان جلوگیری شود» اما وقتی اواخر فروردین سال 89 رییس‌جمهوری پیشین کشور ناچار شد از سفر به ژاپن و شرکت در اجلاس سالانه شورای تعامل در زمینه خلع سلاح هسته‌ای صرف‌نظر کند، موضوع علنی‌تر شد.
روایت علیزاده طباطبایی، از وکلای نزدیک به دفتر خاتمی حکایت از آن داشت که لغو سفر خاتمی به ژاپن به «توصیه» بعضی نهادها بوده است و نه با یک حکم مشخص. او تاکید داشت: «از آنجا که ممنوع‌الخروج کردن یک فرد نیازمند حکم قضایی است، در حالی که هیچ پرونده قضایی برای خاتمی تشکیل نشده و به هیچ شعبه بازپرسی نیز احضار نشده است،
بنابراین خاتمی ممنوع‌الخروج نیست.» با این حال همان زمان داریوش قنبری از نمایندگان اصلاح‌طلب مجلس ممنوع‌الخروج شدن خاتمی را به «اقتدارگرایان» نسبت داد و آن را ازجمله تصمیمات مضر برای نظام تلقی کرد؛ اظهارنظری که با وصول نامه اعتراضی نخست‌وزیران سابق سوئد و کانادا درباره لغو سفر خاتمی به ژاپن معنا پیدا کرد.
آنها در نامه‌ای خطاب به احمدی‌نژاد به این اقدام اعتراض و خواستار برطرف شدن هرچه سریع‌تر محدودیت‌های ایجاد شده برای رییس موسسه بین‌المللی گفت‌وگوی فرهنگ‌ها و تمدن‌ها شدند و ابراز امیدواری کردند که با رفع محدودیت‌ها، شاهد حضور و سخنرانی سیدمحمد خاتمی در اجلاس سالانه شورای تعامل در زمینه خلع سلاح هسته‌ای که در هیروشیمای ژاپن برگزار می‌شود باشند؛ امیدواری‌ای که به نتیجه نرسید.
هرچند چهار روز پس از اعلام صرف‌نظر خاتمی از سفر به ژاپن به توصیه بعضی نهادها، حیدر مصلحی، وزیر وقت اطلاعات، در پاسخ سوال خبرنگاران ممنوع‌الخروج بودن خاتمی را تکذیب کرد و گفت: «ممنوع‌الخروجی اشخاص دست قوه‌قضاییه است و هرگاه که این دستگاه حکم جلبی صادر کند این کار صورت خواهد گرفت» و طبیعتا برای رییس دولت اصلاحات چنین حکمی صادر نشده بود. اما با این حال امکان حضور در نشست‌های بین‌المللی از رییس‌جمهوری گرفته شد که خود در سال‌های نشستنش بر مسند ریاست قوه‌مجریه باعث فرو ریختن دیوار انزوای سیاسی ایران در دنیا بود و می‌توانست دوباره همین نقش را ایفا کند.
موضوع ممنوع‌الخروج بودن سیدمحمد خاتمی با وجود ارسال دعوتنامه‌هایی ازسوی کشورها و سازمان‌های بین‌المللی مختلف سبب شد که حتی رسانه‌های کشورهای دیگر نیز به این موضوع حساسیت نشان دهند. این بود که علی لاریجانی در حاشیه حضور خود در اجلاس بین‌المجالس با سوال خبرنگار لوموند درباره چرایی ممنوعیت سیدمحمد خاتمی از خروج از کشور مواجه شد و پاسخ داد: «من فکر می‌کنم که دولت احمدی‌نژاد در بعضی موارد عادات بدی داشت که این هم یکی از آنها بود و فکر می‌کنم که این مساله به آسانی قابل حل است.»
اظهارنظری که روز گذشته توسط خبرنگار «سفیر» پیگیری شد و از یک «مقام آگاه امنیتی» جواب گرفت: «مشکلاتی که بر سر راه سفرهای خارجی آقای خاتمی قرار داشت حل شده است و ایشان ممنوع‌الخروج نیست و برای سفرهای خارجی مشکلی ندارد.»