نه اعضای شورای‌عالی انقلاب فرهنگی، نه وزارت علوم و نه روسای دانشگاه‌های قلع‌وقمع کننده، هرگز نگفتند که چه تعداد دانشجو را اخراج، چه تعداد دانشجو را ستاره‌دار، چه تعداد استاد را بازنشسته اجباری، چه تعداد استاد را اخراج یا ممنوع‌التدریس کرده‌اند...
صادق زیباکلام در روزنامه بهار درباره « مشکلاتی که در چهارسال گذشته در دانشگاه‌هایی مانند علامه بر استادان و دانشجویان رفته» نوشت: تصمیم کمیسیون آموزش عالی به همراه بعضی دیگر از نمایندگان اصول‌گرای تندرو مبنی‌بر تقدیم طرحی به هیات رییسه با قید دوفوریت که در صورت تصویب سرپرست وزارتخانه‌ها نخواهند توانست تصمیمات وزیر قبلی را لغو کنند، یک رویارویی جدی با دکتر توفیقی سرپرست وزارت علوم است.
صورت مساله روشن است. در دور دوم ریاست‌جمهوری آقای احمدی‌نژاد و به دنبال بروز حوادث و درگیری‌های بعد از اعلام نتایج انتخابات 22 خرداد سال 88، از آنجا که دانشگاه‌ها شاهد بیشترین مخالفت‌ها و اعتراضات به نتایج آن انتخابات بودند، بیشترین هزینه را هم پرداختند. کسر قابل‌توجهی از دانشجویانی که در ستادهای نامزدهای دیگر فعالیت داشتند، به کمیته‌های نظارتی معرفی شدند. بسیاری ستاره‌دار و برای یک یا دو ترم محروم از تحصیل شدند، بعضی برای همیشه محروم شدند و بعضی نیز پس از پذیرفته‌شدن در مقطع تحصیلی بالاتر جلوی ثبت‌نامشان گرفته می‌شد.
تشکل‌های مستقل دانشجویی منحل شدند و مسئولان به‌سختی اجازه گردهمایی به دانشجویان را می‌دادند. بعد نوبت به استادان رسید، بسیاری اجبارا بازنشسته شدند، بعضی اخراج و شمار بیشتری ممنوع‌التدریس شدند. البته حدوحدود برخورد یا میزان قلع‌وقمع از یک دانشگاه به دانشگاه دیگر بعضا دچار تفاوت خیلی زیادی می‌شد. بعضی از روسای دانشگاه‌ها به‌جای کلاه، سر آوردند. حال از روی اعتقادات شخصی‌شان یا به واسطه آن‌که میزان سرسپردگی خود به دولت احمدی‌نژاد را نشان دهند، یکی از دانشگاه‌هایی که انصافا کمترین قلع و قمع بعد از حوادث سال 88 در آن اتفاق افتاد، دانشگاه تهران بود.
دکتر فرهاد رهبر رییس دانشگاه تهران و جناب حجت‌الاسلام کلانتر نماینده رهبری در دانشگاه تهران در برابر بسیاری از فشارها ایستادگی کرده و تن به قلع و قمع ندادند. اما در نقطه مقابل دانشگاه تهران، در دانشگاه علامه قلع و قمع بیداد کرد.
حجت‌الاسلام دکتر صدرالدین شریعتی ریاست دانشگاه علامه، تمامی تشکل‌های مستقل دانشجویی را جمع کردند. کسر قابل توجهی از دانشجویان دانشگاه علامه ستاره‌دار و از ادامه تحصیل بازماندند. بعد نوبت به استادان رسید. دانشکده اقتصاد علامه انصافا یکی از برجسته‌ترین مراکز دانشگاهی کشور در رشته اقتصاد بود. اما چون جمعی از استادان آن نسبت به سیاست‌های اقتصادی احمدی‌نژاد نامه سرگشاه اعتراضی نوشته بودند، اخراج یا بازنشسته شدند و دانشکده اقتصاد علامه امروز همچون قبرستان شده است. رشته‌های سیاسی هم تلفات بسیاری داد.
استادانی که دکتر شریعتی می‌توانست بازنشسته کند، بازنشسته کرد و آنان که می‌توانست اخراج کند، اخراج کرد و زمانی که مقررات به وی اجازه اخراج یا بازنشستگی را نمی‌داد، استادان مربوطه را ممنوع‌التدریس کرد. تسویه استادان منتقد، ناراضی و دگراندیش که در دانشگاه علامه در فاصله سال‌های 92-88 صورت گرفت، یادآور تسویه‌های سنگین دوران بعد از انقلاب است. اما این همه هنر دانشگاه علامه نبود. شاید از سر اعتقاد و شاید هم برای رد گم کردن و ایجاد پوششی برای پنهان کردن تسویه‌های استادان و دانشگاهیان، دانشگاه علامه هم‌چنین شد؛ مرکز برنامه «اسلامی کردن دانشگاه‌ها» که هدف مهم شورای‌عالی انقلاب فرهنگی و وزارت علوم بعد از حوادث سال 88 بود. به بیان دیگر،
در سال‌های 92-88 هر وقت مسئولان دانشگاه علامه به علاوه اعضای شورای‌عالی انقلاب فرهنگی و مسئولان وزارت علوم در انظار عمومی صحبت می‌کردند، همه حرفشان این بود که دانشگاه‌ها را اسلامی می‌کنیم، رشته‌های علوم انسانی را داریم اسلامی می‌کنیم. از فردا یا حداکثر آخر هفته آینده، برنامه‌های علوم انسانی اسلامی به دانشگاه‌ها ابلاغ خواهد شد و سخنانی از این دست. در چهار سالی که گذشت یک‌بار مسئولان محترم شورای‌عالی انقلاب فرهنگی، وزارت علوم یا روسای دانشگاه‌هایی که همچون دانشگاه علامه استادان دگراندیش را قلع و قمع و فعالان جنبش دانشجویی را از دانشگاه اخراج کرده بودند، حاضر نشدند کلامی درباره تسویه‌ها صحبت کنند. همه صحبت‌ها درباره برنامه‌های اسلامی کردن دروس انسانی، ایجاد فضای اسلامی و معنوی در دانشگاه، بومی‌سازی علمی، جدا کردن دانشجویان دختر و پسر و از این دست مسائل بود.
نه اعضای شورای‌عالی انقلاب فرهنگی، نه وزارت علوم و نه روسای دانشگاه‌های قلع‌وقمع کننده، هرگز نگفتند که چه تعداد دانشجو اخراج، چه تعداد دانشجو را ستاره‌دار، چه تعداد استاد را بازنشسته اجباری، چه تعداد استاد را اخراج یا ممنوع‌التدریس کرده‌اند، چگونه جلوی ورود دانشجویان دختر را به ده‌ها رشته تحصیلی گرفته‌اند، چگونه تشکل‌های مستقل دانشجویی را منحل کرده و اجازه فعالیت دانشجویان را نمی‌دهند، چگونه هر که را خواسته‌اند در این چهار سال حکم برایش زدند و به‌عنوان استاد معرفی کردند و سایر اقدامات مشعشع دیگری که انجام دادند. گویی این اقدامات در کشور دیگری اتفاق افتاده و ربطی به کشور ما ندارد. گویی دانشگاه علامه و صدرالدین شریعتی در کشور دیگری این اقدامات را کرده‌اند و ربطی به ایران ندارد.
از همه این‌ها غم‌انگیز‌تر عملکرد مجلس و کمیسیون آموزش عالی آن است. هر دو مجلس هشتم و نهم صورت‌های خود را به طرف دیگر گرفته و اصلا کاری نداشتند که وزارت علوم دولت احمدی‌نژاد و روسای دانشگاهی همچون شریعتی چه به روز دانشگاه‌ها آورده‌اند؟ اما جالب است به مجرد آن‌که دولت جدید در مقام جبران بعضی از خسارات که در چهار سال گذشته به آموزش عالی و دانشگاه‌های کشور آمده، برآمده‌اند، کمیسیون آموزش عالی با عجله درصدد تهیه یک طرح دو فوریتی برآمده تا دکتر توفیقی به عنوان سرپرست وزارت علوم دولت روحانی نتواند جلوی مصیبت‌های بیشتر امثال شریعتی را به آموزش‌عالی و تحصیلات عالیه بالاخص در حوزه علوم انسانی بگیرد.
مشکل کمیسیون آموزش و تحقیقات فقط این نیست که در قبال عملکرد وزارت علوم و دکتر صدرالدین شریعتی‌ها در چهار سال گذشته، مهر سکوت بر لب زد و فراموش کرد در قبال دانشجویانی که از تحصیل محروم شدند، استادانی که از تدریس محروم شدند، استادانی که بالاجبار بازنشسته شدند، داوطلبان دختر که از تحصیل ده‌ها رشته در دانشگاه محروم شدند، پذیرفته‌شدگان در آزمون‌های فوق لیسانس و دکتری که به دلیل گزینش نتوانستند به دانشگاه راه یابند و بسیاری سختی‌های دیگر که به هموطنانمان رفت هم، مسئولیت دارند. مشکل بزرگ‌تر کمیسیون آموزش و تحقیقات آن است که ظاهرا هنوز متوجه نشده که اگر موکلینش موافق با سیاست‌های شورای عالی انقلاب فرهنگی و وزارت علوم در چهار سال گذشته می‌بودند، علی‌القاعده به آقای روحانی رای نمی‌دادند.