در پی ارتحال آیت الله حاج آقا مجتبی تهرانی، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیام تسلیتی، درگذشت آن عالم عامل ربانی و معلم اخلاق را ضایعه‌ای برای حوزه‌ی علمیه و روحانیت و جامعه‌ی مذهبی تهران خواندند و این مصیبت را به بازماندگان بیت شریف ایشان تسلیت گفتند.
متن پیام حضرت آیت الله خامنه‌ای به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
با تأسف و تأثر فراوان، خبر درگذشت عالم عامل ربّانی، مرحوم آیت الله آقای حاج آقا مجتبی تهرانی رحمت الله علیه را دریافت کردم.
این حادثه ناگوار، ضایعه‌ای برای حوزه‌ی علمیه و روحانیت و جامعه‌ی مذهبی تهران و به ویژه ارادتمندان و شاگردان ایشان و جوانانی است که از مجالس پر فیض و درس‌های سازنده‌ی این معلم اخلاق بهره می‌بردند.
اینجانب تسلیت صمیمانه‌ی خود را به آن بیت شریف و بازماندگان، بویژه اخوی بزرگوار و نیز به همسر مکرّم و آقازادگان ارجمند و دیگر بازماندگان این بیت شریف تقدیم داشته، علوّ درجات آن فقید سعید را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سیّد علی خامنه‌ای
13/ دی ماه/ 1391