شكايت رئيس‌جمهور از مطهري در تاريخ 22 خردادماه تنظيم شده و او در حال حاضر دفاعيه‌اش را آماده كرده كه در صورت لزوم آن را منتشر خواهد كرد.
علي مطهري نماينده تهران در گفت‌وگو با ايلنا با بيان اينكه شكايت رئيس‌جمهور از وي در تاريخ 22/3/89 به شعبه 2 دادسراي كاركنان دولت تسليم شده است، اظهار داشت: البته بنا نبود خبر اين شكايت رسانه‌اي شود، خصوصا از آن جهت كه به نظر من مطرح شدن عمومي اين خبر به آقاي رئيس جمهور لطمه مي‌زند.
او كه مي‌گفت طرفين اين شكايت، تمايلي به رسانه‌اي شدن آن نداشتند، ادامه داد: اما وكيل اين جانب بدون اطلاع من و لابد بنا به مصلحتي اين خبر را انتشار دادند كه البته اشاره‌اي به محتواي شكايت نكردند.
مطهري با بيان اينكه رسانه‌ها نبايد زياد به مواردي از اين دست بپردازند، از ارائه توضيحات بيشتر در اينباره امتناع كرد و گفت: امروز همه بايد دست واحد در مقابل آمريكا و اسرائيل و پشتيبان دولت در مقابل دشمن خارجي باشيم.
به گفته وي، البته مطرح شدن اين امور با وحدت كلمه در مقابل دشمن منافات ندارد و باعث روشن شدن حقايق مي‌شود، ولي جامعه ما هنوز به آن رشد نرسيده است كه تضادي ميان اين دو قائل نباشد، به همين جهت نگران مي‌شود.
مطهري با اشاره به اينكه دفاعيه‌اي در برابر شكايت رئيس‌جمهور ارائه كرده است، افزود: در صورت لزوم اين دفاعيه را منتشر خواهم كرد.
وي در پايان بي‌آنكه به محتواي شكايت رئيس‌جمهور اشاره كند، متذكر شد كه طبق اصول 84 و 86 قانون اساسي هيچ نماينده‌اي را نمي‌توان به سبب اظهار نظر درباره هر مسئله داخلي يا خارجي تعقيب يا توقيف كرد.