تفاوت فاطمی با بسیاری از دیگر عناصر سیاسی آن دوران شناخت عمیق و دقیق وی از استعمار وکارکردهای آن و نیز پایگاههای داخلی آن در ایران همچون دربار بود. فاطمی به خوبی به همکاری وهمراهی دولت آمریکا با بریتانیا واقف بود.
امیر طیرانی در یادداشتی در اطلاعات نوشت:
زمان: ساعت 4و هفده دقیقه صبح روز 19 آبان 1333
مکان: محوطه لشگر دو زرهی تهران
متهم محکوم به اعدام: دکتر سید حسین فاطمی وزیر خارجه دولت دکتر مصدق که با برانکارد به میدان تیر منتقل شده بود.
حاضران در حیاط زندان: تیمور بختیارفرماندار نظامی تهران، سرتیپ حسین آزموده دادستان نظامی و چند نفر سرباز تفنگ در دست در یک صف وشاید چند نفر دیگر دادستان خطاب به متهم: وصیت کنید و آخرین خواسته های خود را بگویید.
متهم : آخرین خواسته های من، دیدن خانواده، ملاقات با دکتر مصدق و گفتگو با افسران است.
دادستان : هنوز هم دست از این مرد برنمیداری؟
دقایقی بعد: صدای شلیک هشت گلوله از دهانه چهار تفنگ
آخرین صدای متهم محکوم به اعدام: زنده باد مصدق- جاوید باد ایران
ای جان به فدای آن که پیش دشمن تسلیم نمود جان و تسلیم نشد
از آن صبح شوم تاکنون هرگاه صحبت از دکتر فاطمی و محکومیت به اعدام وی به میان می آید عموما دلیل آن را نوشته های وی در باختر امروز یا سخنرانی پرشور وهیجان وی در میدان بهارستان در روز26مرداد 1332 بیان می کنند.
فاطمی در سرمقاله 26مرداد روزنامه باختر درباره فرارشاه نوشته بود:«خائنی که می خواست وطن را به خاک و خون بکشاند فرارکرد ... این جوان ...فراموش کرده بود ملتی وجود دارد که همه این مبارزات و افتخارات وطن، تمام جهاد ملی شدن صنعت نفت و مجموع عملیات چندسال اخیر در طرد نفوذ شوم و خانه برانداز استعمار انگلستان از او ست و هم اوست که درمقابل دربار،دربرابر مجلس سازی اشرف، در اقلیت سازی مادر، درجلو مداخلات برادرها و در تحریکات ومداخلات علنی و آشکار خودشاه برضد منافع کشور سد آهنین بسته و نمی گذارد که حاصل زحمات و جانبازی هایش را یک کانون فساد و ناپاکی ویک مرکز فحشا به آتش هوسبازی و نوکری لندن اندازد.»
او همچنین در سخنرانی خود در میدان بهارستان گفته بود:« هموطنان جنایات دربارپهلوی روی جنایات ملک فاروق را سفید کرد... برو ای خائن، برو ای اسیر اجنبی که تاریخ جنایت آمیز دودمان 30ساله پهلوی را تکمیل کردی... فرزند عامل قرارداد 1933 می خواست بهجنگ خدا برود، می خواست به جنگ ملت و اجتماع که مظهر اراده خداست برود. ولی خدا اورا آن چنان برزمین زد که هیچکس در مخیله خود تصور نمی کرد.»
اما در آن دوران و به ویژه در فاصله 25 تا 28مرداد از این دست اظهار نظرات در جامعه بسیار مطرح شد. به عنوان نمونه سخنرانی مرحوم حاج محمدحسین راسخ افشار بازاری مصدقی در تجمع 26مرداد در بهارستان به قدری تند بود که بعضی از روزنامه ها همچون اطلاعات اصلا به سخنرانی وی اشاره هم نکردند.
روزنامه های دیگر هم برخی جملات تند وی علیه شاه و دربار را حذف کردند و حتی دکتر شایگان که خود از سخنرانان تجمع آن روز بود نیز به صحبت های ایشان اعتراض کرد.
با این حال برخورد شاه و حکومت کودتا با حاج آقا راسخ افشار یا روزنامه نگارانی که در دوران ملی شدن نفت مقالات تندی نوشته بودند و اهانت های فراوانی به شاه و دربار کرده بودند به هیچ وجه مانند کینه و دشمنی با دکتر فاطمی نبود.
حتی مرحوم کریم پورشیرازی مدیر روزنامه شورش را هم که بعد از کودتا بازداشت و زندانی کردند گرچه در زندان به آتش کشیدند، ولی محاکمه و به اعدام محکوم نکردند.
واقعیت آن بود که دلایل اعدام فاطمی نه فقط سخنرانی ها و مقالات وی، بلکه نظرات و جایگاه او در مبارزه با استعمار و استبداد، پیشبرد نهضت ملی شدن نفت و دفاع تمام قد و تا آخرین نفس وی از دکتر مصدق بود.
بنا به گفته دکتر مصدق پیشنهاد ملی شدن نفت نخستین بار از سوی دکتر فاطمی در جلسات جبهه ملی ایران مطرح شد. علاوه برآن دکتر فاطمی در طول دوران حکومت دکتر مصدق، چه در کسوت روزنامه نگار و چه به عنوان وزیرخارجه همواره در صف اول مبارزات ضداستبدادی و ضد استعماری قرارداشت. فاطمی حتی در دوران بازداشت نیز با دیگران تفاوت داشت.
به گفته شاهین فاطمی: « آخرین باری که ایشان را دیدم ... تاوارد اتاق شدم گفت شاهین می دانم برای چه آمدی. گفتم درست است. گفتم رحم کنید به پسرتان به سیروس... » اما جواب دکتر فاطمی این بار نیزهمچون پاسخی بود که به دیگران داد. به گفته شاهین فاطمی:« به من گفت اگر امروز من استغفار کنم دیگر هیچ کس توی این مملک حرف کسی را باور نمی کند.جواب جوان های مملکت را چه کسی خواهد داد که می گویند حسین فاطمی هم وقتی پای جانش افتاد به گه خوردن افتاد.»
دکتر فاطمی برخلاف برخی ساده اندیشان به درستی تشخیص داده بود که این تنها شاه و دربار نیستند که قصد جان او را کرده اند بلکه همان طور که آیت الله بروجردی نیز گفته بود دستور اعدام دکتر فاطمی از لندن صادرشده بود.
بنا به گفته حسین شاه حسینی مرحوم آیت الله بروجردی در پاسخ به کسانی که از ایشان خواسته بودند مانع اعدام دکتر فاطمی شود گفته بود:"آقا من اقدام کردم ولی گفتند او روبروی انگلستان ایستاده است و نمی شود برای او کاری کرد.»
در سند شماره FO/371/104584۱۹۵۳ وزارت خارجه انگلستان، سفارت بریتانیا در بیروت -که در ان زمان ستاد مشترک عملیات اینتلیجنس سرویس بود- در نامهای به تاریخ ۳۰سپتامبر به وزارت خارجه انگلیس درباره اوضاع ایران نوشت:«... به نظرمن بهترین راه حل برای مصدق تبعید است... اما در مورد فاطمی،اگر دستگیر شود بهترین راه حل اعدام است»
تفاوت فاطمی با بسیاری از دیگر عناصر سیاسی آن دوران شناخت عمیق و دقیق وی از استعمار وکارکردهای آن و نیز پایگاههای داخلی آن در ایران همچون دربار بود. فاطمی به خوبی به همکاری وهمراهی دولت آمریکا با بریتانیا واقف بود.
او در سوم شهریور 1331 در سرمقاله باختر امروز نوشت:«همکاری آمریکا وانگلیس در شرق یعنی کمک به استعمارو تشدید فقر و بدبختی مردم ...مقاومت دربرابر سیاست ملی دکتر مصدق جز این که آمریکا و آمریکاییان را منفورتر گرداند و از نظر ملت ما اورا نظیر انگلیس قرار دهد فایده دیگری نخواهد داشت»
وی درباره نقش دربار هم این گونه به قضاوت پرداخت:« من درهای سفارت انگلیس را بستم .غافل از ان که تا دربار هست انگلستان سفارت لازم ندارد.»
آنچه در آن صبحگاهان تیره رخ داد نه تیرباران وزیر امورخارجه پیشین، بلکه تیرباران استقلال و آزادی ایران بود.