علاوه‌بر مهاجرت از ایران، مهاجرت داخلی نیز هشدارآمیز شده است.
مرکز پژوهش‌های مجلس در گزارشی به وضعیت مهاجرت داخلی پرداخت. در این گزارش آمده که مهاجرت‌ها به‌ویژه از مناطق مرزی کشور به سمت مرکز یکی از مسائل اجتماعی و امنیتی حال حاضر کشور است.
طی سه دهه اخیر، سالانه به طور متوسط حدود یک میلیون نفر در داخل مرزهای کشور جابه‌جا شده‌اند. مهاجرت عمدتاً از مناطق کمتر توسعه‌یافته به مناطق توسعه‌یافته اتفاق افتاده است.
در دهه‌های گذشته، بر نسبت مهاجرت‌های شهر به شهر اضافه شده و از نسبت مهاجرت روستا به روستا کم شده است. اغلب مهاجرت‌های داخلی در سن 15 تا 34 سالگی انجام می‌شود. یعنی جمعیتی که فعال اقتصادی به شمار می‌روند.
بررسی نسبت جنسی مهاجران، نشان‌دهنده غالب بودن مهاجران مرد است. استان‌های کرمانشاه، خوزستان و ایلام همواره دارای نرخ مهاجرت منفی بالایی هستند.