سندی تازه منتشر شده نشان می‌دهد: امام خمینی در پیام خود به مناسبت آزادسازی خرمشهر در خرداد 1361 به پایان یافتن جنگ با عراق، اشاره داشته اما هنگام انتشار عمومی این پیام، جمله مربوط به پایان جنگ، حذف می‌شود.
به گزارش عصرایران، این موضوع برای اولین بار و با انتشار اسناد جدیدی از دست نوشته‌های رهبر فقید انقلاب مشخص شده است. این اسناد را تارنمای جماران منتشر کرده که زیر نظر مؤسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی فعالیت می‌کند.
حمید انصاری قائم مقام موسسه با انتشار متنی در سایت جماران اعلام کرده است: امام خمینی در پیام خود برای آزادی خرمشهر این جمله را هم نوشته بودند: «آنان می‌دانند امروز با فتح خرمشهر مظلوم جنگ خاتمه یافته است و دولت و ملت پیروزمند از موضع قدرت سخن می گویند» اما در نسخه کپی که مبنای متن منتشر شده در رسانه‌ها بود با اجازه حضرت امام، عبارت «جنگ خاتمه یافته است» خط خورده است.
امام خمینی با هنگام صدور پیام به مناسبت آزادسازی خرمشهر در خرداد 1361، در جایگاه رهبری جمهوری اسلامی ایران و فرماندهی کل قوا (نیروهای مسلح) بودند.
جنگ ایران - عراق بعد از آزادسازی خرمشهر در خرداد 1361، به مدت 6 سال دیگر ادامه یافت و در سال 1367 با قبول قطعنامه 598 شورای امنیت سازمان ملل متحد از جانب ایران پایان یافت. قطعنامه‌ای که یک سال قبل از آن صادر شده بود.
بعد از بازپس گیری بندر خرمشهر، موضوع پایان جنگ را سوی شماری از چهره ها مطرح کردند و بیش از هر گروه دیگر یاران مهدی بازرگان نخست‌وزیر دولت موقت با صدور بیانیه‌های متعدد بر آن تأکید داشتند اما به شدت رد و بر ادامه جنگ تاکید می‌شد. از این رو موضوع پایان یا ادامه جنگ بعد از بازپس‌گرفتن بندر خرمشهر، همچنان یکی از مسائل جنجالی و مناقشه‌برانگیز تاریخ معاصر است.
موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی از چندی قبل، برخی اسناد محرمانه مربوط به امام خمینی را منتشر می‌کند. رهبر انقلاب ضد سلطنتی پیروز در 22 بهمن 1357 با عنوان رسمی "رهبر انقلاب و بنیان‌گذار جمهوری اسلامی ایران" به موجب قانون اساسی مصوب 1358 در جایگاه حقوقی رهبری جمهوری اسلامی ایران نیز قرار گرفتند. در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران البته از رییس جمهوری همچنان به عنوان عالی‌ترین مقام رسمی یاد می‌شود اما با این این قید: پس از مقام رهبری.
قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران با اصلاحات و تغییراتی که در مجلس خبرگان قانون اساسی در متن پیش‌نویس اولیه انجام شد فرماندهی کل نیروهای مسلح را در اختیار مقام رهبری قرار داده است. امام خمینی در آغاز جنگ این عنوان را به ابوالحسن بنی‌صدر اولین رییس جمهوری ایران اعطا کرد و در خرداد 1360 در حالی که او هنوز رییس جمهوری بود از او گرفت. در ماه های پایانی جنگ نیز جانشینی فرماندهی کل قوا را به اکبر هاشمی رفسنجانی تفویض کردند.
با این حال مسوولیت قبول قطعنامه 598 شورای امنیت سازمان ملل را امام خمینی خود با تعبیر «نوشیدن جام زهر» بر عهده گرفت. کمتر از یک سال بعد از آن امام خمینی در شامگاه 13 خرداد 1368 درگذشت.
سند شماره 1 : اصل نامه تبریک امام خمینی برای آزادی خرمشهر که به پایان جنگ در عبارت "آنان می دانند امروز با فتح خرمشهر مظلوم جنگ خاتمه یافته است و دولت و ملت پیروزمند از موضع قدرت سخن می گویند" اشاره شده است. جمله جنگ خاتمه یافته است به هنگام انتشار برای رسانه ها حذف شد.
سند شماره 2: کپی دست نویس از نامه امام خمینی برای آزادی خرمشهر - در این کپی جمله "جنگ خاتمه یافته است" در عبارت "آنان می دانند امروز با فتح خرمشهر مظلوم جنگ خاتمه یافته است و دولت و ملت پیروزمند از موضع قدرت سخن می گویند" خط خورده است.
تفاوت عبارت "جنگ خاتمه یافته است" در دو سند اصلی و کپی
حمید انصاری قائم مقام موسسه حفظ و نشر آثار امام خمینی در توضیحی درباره کپی دست نویس نامه ها و پیام های امام خمینی در سایت جماران نوشته است:
تجربه ماه های اولیه بعد از پیروزی انقلاب حاکی از آن بود که در رادیو و تلویزیون و همچنین روزنامه ها در مقام قرائت و یا حروفچینی و درج مطالب دستخط برخی پیامهای حضرت امام ، دچار مشکل بودند و بعضا اشتباهات قابل توجهی در نقل نوشته های امام پدید می امد. برای جلوگیری از این اشتباهات و همچنین حفظ ارزش و اصالت دستخط حضرت امام خمینی ، روال معمول بر این قرار شد که تصویر دستخطها ارسال نشود و متن بازنویسی شده ای که توسط اعضای دفتر حضرت امام به دقت و با حروف خوانا از روی کپی دستخط نوشته می شد جهت انتشار برای صدا و سیما و مطبوعات ارسال گردد و اصل نسخه دستخط با امضای امام، در آرشیو اسناد ایشان نگهداری شود . به دلیل حساسیتی که در جامعه نسبت به یکایک واژگان بکار رفته در پیامهای امام وجود داشت، در مواردی که احیانا در مرحله نگارش سهوی در درج حروف یا جابجایی کلمات صورت گرفته بود یا در مواردی بسیار معدود که پیشنهاد افزودن یا درج مطلبی در پیام مطرح بوده است، عمدتا توسط مرحوم حاج احمد آقا موضوع به امام خمینی منعکس می شد و اصلاح مورد نظر با خط خود امام یا با اذن ایشان روی نسخه اصل و یا کپی دستخط صورت می گرفت. خوشبختانه تمامی نسخ اینگونه اصلاحات اعم از نسخه خطی و کپی اصلاح شده در آرشیو اسناد امام موجود بوده و در موزه آثار ایشان در معرض دید قرار خواهند گرفت.
از جمله موارد معدودی که طبق نظر و تأیید حضرت امام خمینی (س) ضمن چند مورد اصلاح کلمات، عبارتی کوتاه از یک پیام ایشان در نسخه کپی دستخط پیام، خط خورده است و طبعا در متن منتشر شده در صدا و سیما و مطبوعات نیامده است همین پیام معروف امام بمناسبت سوم خرداد و فتح خرمشهر می باشد. جمله ای که در اصل نسخه خطی توسط امام خطاب به "حکومتهای هم جوار و منطقه" نوشته شده و بصورت خط نخورده می باشد این است: «آنان می دانند امروز با فتح خرمشهر مظلوم جنگ خاتمه یافته است و دولت و ملت پیروزمند از موضع قدرت سخن می گویند». اما در نسخه کپی که مبنای متن منتشر شده در رسانه ها بوده است با اجازه حضرت امام، عبارت «جنگ خاتمه یافته است» خط خورده است. ضمنا در آغاز این پیام نیز با توجه به تلگرافات تبریک فتح خرمشهر که در سوم خرداد برای حضرت امام مخابره می شده است ، عبارت «با تشکر از تلگرافاتی که در فتح خرمشهر به اینجانب شده است» اضافه گردیده است.
بنا بر توضیح فوق و به استناد عبارت « امروز با فتح خرمشهر مظلوم جنگ خاتمه یافته است» شاید با اطمینان بتوان گفت امام خمینی در زمان نگارش این پیام در روز سوم خرداد سال 1361 ، با تحقق فتح خرمشهر ، جنگ را خاتمه یافته ، می دانسته و یا می خواسته است، و طبعا با توجه اهمیت شرایط جنگ و پیروزی عظیم خرمشهر و حساسیت عبارت مذکور ، ایشان شخصا و یا پس از مشورت با حاج احمد آقا حذف آن را – قبل از طرح موضوع در جلسه شورایعالی دفاع و اخذ نظر فرماندهان نظامی - به مصلحت دانسته اند، خصوصا اینکه ایشان طبق مبانی فقهی خویش در فقه حکومتی و امور اجتماعی که دایر مدار مصلحت هستند توجه به وجوب مشورت با عنایت به ملاک عرف کارشناسان (که در رابطه با جنگ، فرماندهان نظامی و مسئولین سیاسی و پشتیبانی جنگ بوده اند) را لازم می دانستند و لذا پس از استماع نظرات ایشان و طبعا اطلاع از مباحث نمایندگان مجلس و مسئولین سیاسی و اطمینان از اینکه اکثریت قاطع ایشان (بالای 90 درصد) با استدلالهای متین و کارشناسانه خویش پایان جنگ را در آن مرحله خلاف مصلحت کشور اعلام کردند و مصلحت جنگ و کشور را بر ادامه جنگ و ضرورت اجازه ورود به خاک عراق بیان کردند ، امام خمینی از نظر جمع متابعت نموده است.