روزنامه جمهوری اسلامی در سرمقاله خود به قلم مسیح مهاجری از بودجه های دولتی برای حوزه های علمیه انتقاد کرده و پیشنهاداتی را مطرح کرد.
در این مطلب آمده است:
هر ساله در فصل مطرح شدن بودجه کل کشور در مجلس شورای اسلامی فهرستی از ردیف‌های بودجه دستگاه‌های مختلف فرهنگی از جمله حوزه علمیه و بعضی نهادهای مرتبط با آنان به رسانه‌ها و به ویژه فضای مجازی راه می‌یابد که عملاً به آن شایعات و تبلیغات منفی کمک می‌کند این فهرست بقدری تأثیرگذار است که هرکس آن را می‌بیند تصوری غیر از آنچه با هدف شایعه سازان و دست اندرکاران آن تبلیغات منفی منطبق باشد به ذهنش خطور نمی‌کند.
طبیعی است که در کوران این تبلیغات پرحجم، واقعیت تلخی مانند روزگار بسیار سخت طلاب حوزه‌های علمیه و روحانیون مناطق مختلف کشور و تنگناهای معیشتی آنها کاملاً به فراموشی سپرده می‌شود و کسی به آن فکر نمی‌کند. نکته تأسف‌آور اینکه این قشر تنگدست و بشدت فقیر، اکثریت قشر روحانی کشور را تشکیل می‌دهند و تأسف بالاتر اینکه تصور عمومی شکل گرفته از آن شایعات و تبلیغات منفی، درست عکس این واقعیت را باور دارد!
درباره آن فهرست کذائی که واقعیت هم دارد، توجه به این نکته رنج‌آور ضرورت دارد که یکی از کارکردهایش دامن زدن به همان شایعات و تبلیغات منفی است. افکار عمومی با دیدن این فهرست به این تصور نادرست می‌رسد که این پول به طلاب داده می‌شود و هر روحانی در هرجا که باشد از آن سهمی دارد، غافل از اینکه این پول بودجه دستگاه‌های بی‌خاصیتی است که به رسم بوروکراسی امروزی به جیب عده‌ای کارمند پشت میز نشین می‌رود.
روشن‌ترین دلیل بی‌خاصیت بودن این دستگاه‌ها هم اینست که حوزه‌های علمیه قبل از به وجود آمدن این دستگاه‌های عریض و طویل، بدون وجود آنها اداره می‌شدند و خروجی بسیار بهتری هم داشتند.
این پول، بود و نبودش تفاوتی برای طلاب حوزه‌های علمیه و روحانیون مناطق مختلف کشور ندارد. البته وجود این ردیف بودجه این خاصیت را دارد که حوزه را به دولت‌ها وابسته می‌کند و از مستقل بودن محروم می‌نماید. اکنون که در لایحه بودجه سال آینده (۱۴۰۲) ۶۰ درصد افزایش پیش‌بینی شده، ۶۰ درصد هم به وابستگی اضافه خواهد شد.
امام خمینی که زیر بار پول گرفتن حوزه علمیه از دولت نرفت به همین دلیل بود که می‌خواست استقلال حوزه حفظ شود. مرحومان حضرات آیات فاضل لنکرانی و صافی گلپایگانی هم بشدت با وابسته شدن حوزه از طریق دریافت پول از دولت مخالفت می‌کردند و در میان مراجع کنونی هم کم نیستند بزرگانی که بر همین اعتقادند و داشتن ردیف بودجه در بودجه کل کشور را برای حوزه زیانبار و منافی استقلال روحانیت می‌دانند. آنچه مهم‌تر است افکار عمومی است که حرفش اینست که وقتی مردم در فقر دست و پا می‌زنند، حوزه‌های علمیه نباید از بودجه عمومی کشور تغذیه کنند.
حوزه‌های علمیه باید به شیوه همیشگی با پول و امکاناتی که مردم در اختیارشان قرار می‌دهند اداره شوند تا از یکطرف استقلال خود را حفظ کنند و از طرف دیگر مردمی بودن که در طول تاریخ ویژگی اصلی روحانیت بوده را از دست ندهند.
بهترین اقدام اینست که بزرگان حوزه علمیه پیشقدم شوند و با نگارش نامه‌ای به دولت و مجلس، نسبت به ردیف بودجه‌ای که برای دستگاه‌های مختلف حوزه‌های علمیه در نظر گرفته شده اعلام بی‌نیازی کنند. این اقدام، اعتقاد و اعتماد مردم به روحانیت را صد چندان خواهد کرد و توده مردم با هدایا و وجوه شرعیه خود هزینه‌های حوزه‌های علمیه را همچون گذشته تأمین خواهند نمود. این اقدام، هم اسلامی است، هم انقلابی، هم مردمی و هم شجاعانه. آیا بزرگان حوزه از چنان شجاعتی برخوردار هستند که به این پیشنهاد عمل کنند؟