علی مطهری در گفتوگو با ایلنا، در واکنش به اظهارات عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان مبنی بر این که «دلیل رد صلاحیت آقای مطهری موضوعات اقتصادی نبوده است بلکه دلایل دیگری مطرح بوده که به خودشان گفته‌ایم. با یکی از اعضای شورای نگهبان صحبت کردند. از ایشان خواستیم اجازه دهند گفت‌وگوها با دوربین ثبت و ضبط شود، اما آقای مطهری اجازه ندادند. بهترین راه این بود که اجازه می‌دادند آن گفت و گو ضبط شود تا امروز شاهد این اختلافات نباشیم.» اظهار داشت: آقای کدخدایی پیش‌تر و در زمان انتخابات مجلس یازدهم نیز این مطالب را عیناً مطرح کرده بودند و من جواب ایشان را همان زمان دادم اما تعجب می‌کنم چرا دوباره این مطالب را بیان کرده‌اند.
وی افزود: زمانی که هیئت نظارت بر انتخابات مرا رد صلاحیت کرد، شورای نگهبان از بنده دعوت کرد که برای صحبت کردن به آنجا بروم. یکی از اعضای حقوقدان شورا و کارشناس پرونده در جلسه حضور داشتند. بعد از بحث‌های متفرقه خصوصا درباره نحوه بررسی صلاحیت‌ها، وارد موضوع شدیم. آن عضو حقوقدان سه نمونه از اظهارنظرهای من را مطرح کردند و نسبت به آنها اعتراض داشتند و من بر درستی هر سه مورد تأکید کردم.
نایب رئیس مجلس دهم ادامه داد: یکی از مطالبی که ایشان معتقد بودند که نباید می‌گفتم این بود که در نطق خود در مجلس نهم گفته بودم «نهم دی اگر موجب تفرقه شود دیگر یوم الله نیست بلکه یوم الشیطان است.» ایشان گفتند این خلاف نظر رهبری است. گفتم اولاً خلاف نظر ایشان نیست. ثانیا من نظر خودم را گفتم.
وی ادامه داد: مورد بعدی سخنی بود که درباره مرحوم ابراهیم یزدی گفته بودم که «ما با او برخورد خوبی نکردیم و به زندان انداختن آن پیرمرد کار درستی نبود.» آن عضو حقوقدان شورای نگهبان گفت «این موضوع را نباید مطرح می کردید، چرا که برخورد با آقای یزدی موضع نظام بوده است.» من پاسخ دادم که این موضع را قبول ندارم. موضوع دیگری که مطرح کردند مسئله رفع حصر خانگی بود. ایشان می‌گفت «چرا راجع به رفع حصر صحبت کرده‌ای؟ باید می گفتی پس از اطلاع از نظر رهبری نظر من عوض شد.» گفتم من نمی‌توانم دروغ بگویم.
مطهری یادآور شد: پس از این گفتوگو، عضو حقوقدان شورای نگهبان را مورد عتاب قرار دادم و گفتم «متأسفم که شما با چنین افکاری عضو شورای نگهبان هستید. حیف خون شهید مطهری که به زمین ریخت و من امروز این حرف‌ها را از شما می شنوم.» بعد بلند شدم و جلسه را ترک کردم.
وی تصریح کرد: اصلاً هیچ حرفی از این که فیلمبرداری انجام و گفتوگو ثبت و ضبط شود مطرح نبود. نمی‌دانم آقای کدخدایی این حرف‌ها را از کجا آورده‌اند.
نماینده پیشین مجلس گفت: فقط زمانی که از جلسه خارج شدم به من گفتند که آن طرف فضای مصاحبه فراهم است، اگر می خواهید، مصاحبه کنید که من نیازی به مصاحبه ندیدم و با خودم گفتم اگر مصاحبه کنم و شرح جلسه را بگویم برای شورای نگهبان گران تمام می‌شود. به هرحال دلایلی که به من گفتند همین‌ها بود و چیز دیگری به من نگفتند.
وی با بیان اینکه من هنوز سر در نیاورده‌ام که آقای کدخدایی این حرف‌ها را از کجا می زنند و در حالی که یک بار پاسخ داده‌ام بار دیگر آن را تکرار می‌کنند، گفت: عضو حقوقدانی که با من گفتوگو کرد آقای کدخدایی نبود و من نمی‌خواهم اسمی از او ببرم.