محمد تقی فاضل میبدی در روزنامه اعتماد نوشت:
روز گذشته شاهد انتشار مطالبی به نقل از آقای یزدی بودیم. این نخستین‌بار نیست که او به عنوان دبیر یا رییس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم مطالبی برخلاف سنت حوزه‌ها ایراد می‌کنند؛ در گذشته هم مطالبی راجع به آیت‌الله العظمی شبیری‌زنجانی ذکر کردند که غالب علمای حوزه آن را محکوم کردند.
شاید این نوع برخوردها در آینده نیز تکرار شده و ازسوی آقای یزدی ادامه داشته باشد. اینکه ایشان برای تعیین مرجعیت، تنها نسخه جامعه مدرسین حوزه علمیه قم را الزامی می‌داند، در نوع خود بدعتی بیش نیست. انتخاب یک مرجع به عنوان کارشناس در مسائل دینی و فقهی از گذشته تاکنون روشی داشته که در حوزه‌ها اعمال می‌شده است. روزی که آیات عظام بروجردی، خویی، خوانساری و دیگر مراجع معین شدند، نسخه‌ای از جامعه مدرسین در کار نبود.
آن زمان مراجع در قلوب مردم و عموم جامعه جای داشتند اما با این روش که آقای یزدی می‌گوید، هیچ مرجعی به شکل سابق که مورد رضایت و اعتقاد مردم باشد، معین نخواهد شد.
تا آنجا نگارنده اطلاع دارد، هیچ حوزه‌ای از حوزه‌های علمیه چنین حقی به جامعه مدرسین حوزه عملیه قم نداده است که یک مرجعی را نصب یا خلع کنند، به‌ویژه اینکه جامعه مدرسین شائبه وابستگی به خارج از حوزه را نیز دارد.
نظر مرحوم امام خمینی(ره) همیشه این بود که حوزه‌ها باید استقلال خود را تحت هر شرایطی حفظ کنند، حال سوال اساسی اینجاست که چرا یک نهادی در درون حوزه قصد آن کرده که این استقلال را خدشه‌دار کند؟ حقیقت آن است که از پاسخ این پرسش بی‌اطلاعیم.
با این حال مطالب دیگری که ایشان بیان داشته‌اند نیز قابل توجه است. آیت‌الله یزدی راجع به دولت و رییس‌جمهوری گفته‌اند که «اگر نمی‌توانی کار کنی برو!» این نوع سخن گفتن به شکل تحکم‌آمیز یعنی جامعه مدرسین حوزه عملیه قم بر دولت هم استیلای حقوقی دارد. حال آنکه نمی‌توان انکار کرد که حق نقد دولت برای همگان محفوظ است ولی مساله اینجاست که به شکل و زبانی آمرانه از لزوم برکناری دولت سخن گفتن، نه امری شرعی محسوب می‌شود و نه می‌توان آن را قانونی دانست، لذا نگارنده اعتقاد دارد که در شرایط کنونی لازم است که علمای بزرگوار حوزه به دبیر یا رییس جامعه مدرسین حوزه علمیه قم تذکرات لازم را ارایه دهند تا سخنان ایشان باعث بی‌اعتباری حوزه نشود. همگان باید توجه داشته باشند که اعتبار حوزه به استقلال و ادامه شیوه سلف است؛ روشی که باید ادامه یابد تا جایگاه مرجعیت خدشه‌دار نشود.