مقام معظم رهبری صبح امروز (یکشنبه) در دیدار دست‌اندرکاران همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیّدمصطفی خمینی در آستانه‌ی چهلمین سالگرد رحلت ایشان، ضمن قدردانی از برگزاری چنین کنگره‌ای، مرحوم حاج آقا مصطفی را از ابعاد مختلف دارای شخصیّتی برجسته دانستند و گفتند: ایشان از لحاظ استعداد و جرئت علمی، تهذیب نفس، شجاعت و منش مبارزاتی، انسانی ممتاز بود و معرّفی جایگاه علمی و افکار ایشان به جامعه و نسل امروز، کار بسیار خوب و لازمی است.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی مقام معظم رهبری، آیت‌الله خامنه‌ای به جایگاه تأثیرگذار مرحوم حاج سیّدمصطفی خمینی در حادثه‌ی مهم دستگیری امام (رحمه‌الله) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام‌الله‌علیها و گرد آمدن مبارزین در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانه‌ای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند.
رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز و بهت‌آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال ۱۳۵۶ را نیز زمینه‌ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه‌ی مواجهه‌ی امام (رحمه‌الله) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه‌ی الهی دانستند، بخشی از شخصیّت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.
آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سید مصطفی خمینی و ساده‌زیستی و زهد ایشان، خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزندِ شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی (رحمه‌الله) بود اما ذره‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود.
ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی به‌شدت علاقه‌مند و عاشق امام بود و کوچک‌ترین تعرّض به شخصیّت امام را برنمی‌تابید.
پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت‌الاسلام والمسلمین رشاد رئیس شورای سیاست‌گذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی و آقای محمدعلی انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامه‌های کنگره‌ی بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجام‌شده بیان کردند.