در پی حملات شدید علیه هاشمی که در پی انتشار نامه امام (ره) صورت گرفت، هاشمی رفسنجانی سکوت را شکست و در اولین واكنش تصریح کرد: نامه امام قبلاً منتشر شده بود.
به گزارش خبرنگار عصر ایران ، وی در دیدار تعدادی از روزنامه نگاران گفت: نامه امام محرمانه نبود و قبل از این هم منتشر شده بود.
وی با اشاره به برخی اظهارات که اصالت نامه امام را زیر سوال می برند گفت: دست‌نوشته حضرت امام هم اکنون موجود است و نامه را ایشان به خط خودشان نوشته بودند و در تمام سایت‌های خبری نیز موجود است.»
رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام درباره علت انتشار نامه امام گفت: برای رفع شبهات و پاسخ به نسل جوان نامه را منتشر كردم زیرا دیدم درباره جنگ شبهاتی ایجاد شده است.
پیش از این برخی رسانه ها و سیاسیون با این ادعا که نامه امام محرمانه بوده است ، از هاشمی انتقاد کرده بودند .
دفتر رئيس مجمع تشخيص مصلحت با انتشار اطلاعيه‌اي اذعان كرد كه نامه امام(ره) به مسئولان عالي رتبه كشور درباره دلايل پذيرش قطعنامه 598 داراي طبقه‌بندي نبوده است.
پس از انتشار نامه حضرت امام(ره) برخي اشخاص حقيقي و حقوقي و نشريات اظهار داشتند كه اين نامه جزو اسناد محرمانه بوده و چاپ آن در اين زمان مناسب نبود، درخصوص اين موضوع توضيحات ذيل ضروري به نظر مي‌رسد:
1- نامه حضرت امام(ره) در آن تاريخ در جلسه‌اي در مقر رياست جمهوري با حضور جمع زيادي از مسئولان، نمايندگان، فرماندهان نظامي و علماي بلاد قرائت شد و نسخه‌هايي از دست خط ايشان به تعدادي از مسئولان داده شد.
2- واژه «محرمانه» در فرهنگ و ادبيات سياسي بار معنايي خاصي دارد. قاعده و قانون در تعريف اسناد طبقه‌بندي شده اين است كه به ميزان حساسيت سند، بر روي آن عبارت محرمانه... تا سري حك مي‌شد؛ در صورتي كه اين نامه فاقد هرگونه طبقه بندي بوده است.
3- توجه همگان را به اين نكته مهم جلب مي‌نمائيم كه سالهاست اين نامه روي سايت‌هاي اينترنتي قرار گرفته و براي همگان نه تنها در داخل حتي در خارج از كشور قابل دسترسي بوده و هنوز هم در بعضي سايت‌ها هست.
4- ضمن احترام و ارج نهادن به رشادت‌ها و خدمات و زحمات همه فرماندهان بزرگوار و رزمندگان حماسه‌ساز هشت سال دفاع مقدس، فلسفه انتشار اين نامه صرفاً پاسخ روشن و بدون ابهام توسط شخص امام(ره) به شبهات و تشكيك‌هايي احتمالي بود كه در مورد علل ختم جنگ عنوان مي‌شد. برخي آن را ناشي از سياسي كاري سياسيون و برخي ناشي از مجموعه عواملي از محدوديت‌ها و شرايط و مقتضيات داخلي و بين‌المللي آن زمان بر مي‌شمردند و متاسفانه در ماه‌هاي اخير شبهات ديگري نيز در مورد پذيرش قطعنامه مطرح گرديد كه براي نسل جديد ابهامات بيشتري ايجاد كرد. ضمناً انتشار اين پيام به منظور منفي نشان دادن گزارش فرماندهي سپاه در آن زمان براي مشخص كردن نيازهاي جبهه نبوده، بلكه دليل بر تاثير آن گزارش در واقع بيني مسئولان و كمك به تصميم‌گيري امام راحل است، و حتي آيت الله هاشمي رفسنجاني در مصاحبه راديوئي روز 5/7/85 پس از اشاره به نامه فرماندهي سپاه، با صراحت گفت: نيازهاي جبهه را در آن نامه مطرح كردند و حقشان بود.
در ضمن، مباحث مربوط به اختلافات تخصصي سپاه و ارتش و نامه جناب آقاي محسن رضائي نيز مطلب تازه‌اي نبود كه برخي رسانه‌ها اعلام كرده‌اند:« اولين بار آيت الله هاشمي رفسنجاني دو سه هفته قبل در خطبه‌هاي نماز جمعه به آن اشاره كرده‌اند.» بلكه در چندين مصاحبه و سخنراني سالهاي قبل نيز به صورت كاملا مشروح به اين دو مسئله اشاره كرده بودند.
به عنوان نمونه در مصاحبه‌اي كه در تاريخ 15 بهمن 82 در روزنامه كيهان چاپ شده بود، خبرنگار از آيت الله هاشمي رفسنجاني درخصوص كيفيت اختلافات سپاه و ارتش پرسيد و ايشان در جواب گفت:« اين اختلاف به گونه‌اي نبود كه ما به يك ظرف سوء ظن داشته باشيم. ارتش به خاطر آموزشها و روشهاي كلاسيك خود يك نوع عمليات خاصي را قبول داشت كه همه چيز بايد طبق كلاس انجام شد.. سپاه در آن فاز نبود. شروع كارش از عمليات كوچك، غير متعارف، غافلگير و ايثار در جنگ بود... يك اختلاف اين بود كه هر عملياتي را مطرح مي‌كرديم، اگر سپاه طرح مي‌كرد، با منطق ارتش جور در نمي‌ايد و بالعكس.»
در خصوص نامه سردار رضايي نيز خبرنگار كيهان به نقل از يكي از فرماندهان سپاه گفت: وقتي امام (ره) اين نامه را خواندند، گفتند آقاي رضايي با اين نامه گفت كه ما ديگر نمي‌جنگيم و آيت الله هاشمي رفسنجاني در پاسخ گفت:« آن نامه نشانه اين بود كه با توجه به شرايط موجود، نمي‌توانستيم بجنگيم.»
با تجليل و گراميداشت ياد و خاطره شهداي بزرگوار 8 سال دفاع مقدس و قدرشناي از مجاهدت و رشادتهاي فرماندهان اين حماسه بزرگ و تاريخي ملت ايران.