علی مطهری در پایگاه اطلاع رسانی خود خطاب به رییس قوه قضاییه نوشت:
آیت‌الله صادق لاریجانی دامت برکاته
رئیس محترم قوه قضائیه
با اهداء سلام و آرزوی توفیق بیشتر برای جناب‌عالی و همکاران محترمتان، در نطق اخیرتان در همایش بزرگداشت هفته قوه قضائیه نقاط مثبت، فراوان بود از جمله تأکید بر اصالت فرهنگی انقلاب اسلامی و اقامه شریعت اسلام و احکام الهی در جامعه، اما آنچه که توجه اینجانب را به خود جلب کرد تحلیل منطقی‌تر جناب‌عالی درباره فتنه سال ۸۸ بود که می‌تواند فتح بابی برای حل و فصل این معضل اجتماعی باشد.
فرموده‌اید: «من نمی‌خواهم بگویم که آنها که اعتراض را شروع کردند قصد کودتا و براندازی داشتند اما بستری را فراهم کردند تا افراد ضد انقلاب که علیه ولایت فقیه فریاد می‌زدند بر این بستر سوار شوند.»
در جای دیگر فرموده‌اید: «من نمی‌خواهم اتهام کودتا را متوجه کسانی کنم که اعتراض کردند یا مردم را به اعتراض دعوت کردند. آنها شاید دنبال اعتراض صرف بودند اما داشتند می‌دیدند که بر روی این اعتراضات یک جریان فاسد کشور را به آشوب می‌کشاند…»
اگر این سخنان جناب‌عالی را در کنار اظهارات برخی دوستان نادان انقلاب بگذاریم که اساسا هیچ گونه اعتراضی را در جمهوری اسلامی به رسمیت نمی‌شناسند و هر اعتراضی را مخالفت با اصل نظام جمهوری اسلامی تلقی می‌کنند و می‌گویند اعتراضات سال ۸۸ برای براندازی نظام بود و با آمریکا و انگلیس و اسرائیل هماهنگ شده بود، می‌بینیم سخنان شما نوری است در ظلمت بی‌انصافی‌ها و کینه‌جویی‌ها و گشودن راهی است برای پایان دادن به این ماجرای تلخ که کیان انقلاب اسلامی را تهدید می‌کند.
جناب‌عالی در واقع همسو با قانون اساسی حق اعتراض مدنی را به رسمیت شناخته‌اید و سران معترضان را به قصور یا تقصیر در بهره‌برداری کسانی متهم کرده‌اید که اساسا اعتقادی به نظام جمهوری اسلامی ندارند و از هر فرصتی برای براندازی آن استفاده می‌کنند.
این مطلبی است که مورد اتفاق اکثریت قاطع سیاسیون و ملت ایران است و می‌تواند گام اول و پایه‌ای برای خاتمه دادن به این پدیده ناهنجار اجتماعی باشد.
گام دوم و پایه دیگر حل و فصل این موضوع این است که به مقدمات و علل قصور یا تقصیر آن دو نفر بپردازیم. چه شد و چه رفتارهایی از طرف مقابل سر زد که دو شخصیت باتجربه سیاسی و علاقه‌مند به انقلاب و نظام و رهبری دچار آن قصور یا تقصیر شدند؟
اگر سهم همه اطراف فتنه سال ۸۸ مشخص و عدالت بدون هرگونه مصانعه و ملاحظه‌کاری اجرا شود، شاهد خواهید بود که آن دو محصور نیز به خطاهای خود در آن فضای هیجانی اعتراف خواهند کرد و گام بلندی برای حل این مشکل برداشته خواهد شد.
اما اگر همه را مبرا از خطا بدانیم و خطای افراد و نهادهایی را که زمینه فتنه را فراهم کردند نادیده بگیریم و فقط آن دو نفر را مقصر بدانیم و بگوییم تنها راه حل این است که آنها توبه کنند، قطعا چنین اتفاقی نخواهد افتاد و فرضا اتفاق بیفتد وجدان جامعه را آرام نخواهد کرد زیرا براساس عدالت نیست. آنچه که روح و وجدان جامعه را قانع و آرام می‌کند اجرای عدالت درباره همه طرفهای آن ماجراست و البته جرم این طرفها متساوی نیست.
از آن مقام محترم انتظار داریم که این گام دوم را نیز با صلابت بردارند و افتخار حل این معضل را که نیروهای اجتماع را به هدر داده و می‌دهد به نام خود ثبت نمایند.
از خدای متعال توفیق الهی برای جناب‌عالی مسئلت می‌کنم.
با تقدیم احترام
علی مطهری