وي در پايان يادداشتش تاكيد كرده است: اين‌كه چرا رييس‌جمهور از اختيارات و وظايف خود در اصول 122، 121 و 113 قانون اساسي در اين موارد استفاده نكرده و غمض عين مي‌نمايند و تذكر قانون اساسي نمي‌دهند به واسطه دامنه صبر و بردباري و افق بالا و دوردست ديد نافذ ايشان برمي‌گردد ولي دانست كه اين دامنه صبر و تحمل حدي دارد.
مشاور رييس‌جمهور در يادداشتي با عنوان "نگاه واقع‌بينانه به جايگاه مجمع تشخيص مصلحت نظام" كه در سايت شخصي خود منتشر كرده، آورده است: مجمع تشخيص متغير وابسته است، نه متغير مستقل كه در ارتباط با تغيير احكام حكومتي شرع و اصول قانون اساسي، استقلالا اختيار تصميم‌گيري داشته باشد.
به گزارش ايسنا، علي زارعي نجفدري در اين يادداشت به تشريح ساختار سياسي كشور پرداخته و آورده است: آن‌گاه كه عرصه تعاملات قواي سه‌گانه در بن‌بست اختلاف نظرات و ديدگاه‌ها قرار بگيرد، ولايت مطلقه امر و رهبري نظام، فصل‌الخطاب مي‌باشند. اين جايگاه فصل‌الخطاب براي رسيدن به حجيت در تصميم‌گيري موضوعات، از نظرات مشورتي اهل نظر استفاده مي‌كنند.
وي در ادامه مجمع تشخيص مصلحت نظام را تنها يك نهاد مشورتي دانسته و اضافه كرده است: اين مجمع متغير وابسته است، نه متغير مستقل كه در ارتباط با تغيير احكام حكومتي شرع و اصول قانون اساسي، استقلالا اختيار تصميم‌گيري داشته باشد.
زارعي نجفدري تاكيد كرده است: يكي از آقايان در روزهاي اخير گفته است مجمع تشخيص مصلحت نظام، فراقواست! و يكي ديگر از همين آقايان گفت كه مجمع تشخيص مصلحت نظام مي‌تواند اجازه دهد خلاف شرع و خلاف قانون اساسي عمل شود!! اين‌گونه اظهارات منطق مفهومي ندارد و نوعي استفاده ابزاري از مجمع تلقي مي‌شود، هر چند كه قابل اعتنا هم نيستند ولي تالي فاسد اين اظهارات مي‌تواند اذهان را نسبت به نظام مترقي و پوياي ولايي جمهوري اسلام ايران مشوش كند.
مشاور رييس‌جمهور به ذكر چند نكته خطاب به چنين افرادي پرداخته و در قسمتي از يادداشت گفته است: ظاهرا اين آقايان نمي‌دانند كه اين‌گونه اظهارات نسنجيده، ثبات نظام را به لحاظ حقوقي، قانوني، سياسي – اجتماعي و حتي امنيتي زير سوال مي‌برد. حقيقتا بايد در اين رابطه فكري كرد تا هر كس به خود اجازه ندهد با اظهاراتي نسنجيده، ثبات نظام را زير سوال ببرد آن هم به بهانه خيرخواهي نظام.
وي در پايان يادداشتش تاكيد كرده است: اين‌كه چرا رييس‌جمهور از اختيارات و وظايف خود در اصول 122، 121 و 113 قانون اساسي در اين موارد استفاده نكرده و غمض عين مي‌نمايند و تذكر قانون اساسي نمي‌دهند به واسطه دامنه صبر و بردباري و افق بالا و دوردست ديد نافذ ايشان برمي‌گردد ولي دانست كه اين دامنه صبر و تحمل حدي دارد.