کیهان شیوه‌نامه جدید را «سلیقه‌ای خوانده» و دلایل ناراحتی خود را اینگونه شرح می‌دهد.
این روزنامه با اشاره به حذف سه اصل اصل تقدم پیشگیری بر مجازات، اصل حق سلامت محیط و احترام به حریم خصوصی و اصل سرعت در رسیدگی نوشته: «ما در شیوه‌نامه جدید رویه‌ای مبنی بر پیشگیری نداریم در این شیوه‌نامه انضباطی شاید کرسی‌های آزاد اندیشی همچون دوره‌های قبل نباشد.»
در ادامه نوشته: «علاوه‌بر سه اصل حذف شده ما در شیوه‌نامه جدید انضباطی شاهده حذف ۶ تبصره هستیم که این تبصره‌ها مربوط به تخلفات رایانه‌ای و مخابراتی است.»
این روزنامه تصریح کرده که «حذف تخلفات رایانه‌ای، یکی از موضوعات جدی است که باید به آن توجه کرد و مسئله مهم اینکه چرا این تخلفات در شیوه‌نامه انضباطی در دوره چهاردهم حذف شده است خود جای سؤال دارد؛ تخلفات رایانه‌ای تخلفات کوچکی نیستند که جامعه دانشگاهی بخواهد بر روی این تخلفات چشم پوشی کند.
تخلفاتی همچون؛ هتک حرمت به اشخاص و اهانت به مقدسات دینی یا انتشار و افشای اسناد دانشگاه تخلف کوچکی محسوب نمی‌شود که جامعه دانشگاهی بخواهد آن را حذف کند.
این تخلفات باید در شیوه‌نامه‌های انضباطی ما درج شود تا شاهده اتفاقات ناپسندی در دانشگاه‌ها نباشیم باید از خطرات احتمالی در دانشگاه‌ها جلوگیری شود تا شاهده اتفاقات سال‌های گذشته در دانشگاه نباشیم.»
دلیل اصلی ناراحتی کیهان، اما تغییراتی است که در شیوه‌های تنبیهی ایجاد شده است، چنانچه نوشته: «شیوه‌نامه انضباطی باید به گونه‌ای نگاشته شود که دانشجوبان در چارچوب کشورشان رفتار کنند و نباید به گونه‌ای نگاشته شود که دانشگاه که مهد علم است به فضای هنجارشکنی تبدیل شود.»
این روزنامه همچنین نوشته: «طبق این شیوه‌نامه، اگر دانشجویی عضو یکی از گروه‌های ضدانقلاب باشد و این مسئله نیز ثابت شود، جرم بسیار ناچیزی برای جامعه دانشگاهی دارد و دانشگاه تنها او را توبیخ شفاهی یا کتبی می‌کنند.
شیوه‌نامه انضباطی باید به گونه‌ای باشد که دانشجویان را محدود نکند، اما نه این‌طور که فرد در یکی از گروه‌های محارب و دشمن عضو باشد و بتواند به راحتی در یکی از دانشگاه‌های کشور مشغول به تحصیل شود.
در شیوه‌نامه انضباطی جدید دیگر اخراج معنایی ندارد و نهایتا دانشجو تا ۵ سال آینده محروم می‌شود.»
کاهش شدت مجازات ضوابط پوششی نیز دیگر موضوعی است که روزنامه کیهان را آزرده است. چنانچه نوشته: «در شیوه‌نامه انضباطی جدید در دولت چهاردهم کمرنگ شدن مسئله حجاب در دانشگاه‌ها را مشاهده می‌کنیم که مجازات تکرار عدم رعایت پوشش اسلامی که برای دانشجو کم حجاب است که فرد نهایتا تا ۶ ماه بدون احتساب در سنوات است نمی‌تواند در دانشگاه حضور داشته باشد بعد از گذشت ۶ ماه دانشجو می‌تواند وارد دانشگاه شود و به تحصیل خود ادامه دهد.»