زیباکلام در نامه‌ای خطاب به روحانی نوشت:حضورتیم مذاکره کننده هسته ای آمریکا درسنا و گنگره آن کشور و ساعت‌ها بحث و گفت‌وگوی جدی، صریح و علنی با مخالفان توافق به صورت زنده دربرابردیدگان میلیونها نفر در اطراف و اکناف دنیا کدام لطمه را برمنافع ملی آن کشور وارد نمود؟
روزنامه قانون امروز پنج‌شنبه ۹۴/۵/۱۵ نامه سرگشاده صادق زیباکلام ، دکترای علوم سیاسی و استاد دانشگاه تهران خطاب به رئیس‌جمهور را در پی توقیف نشریه ۹ دی منتشر کرد.
متن کامل نامه زیباکلام به شرح ذیل است :
جناب آقای دکتر حسن روحانی
ریاست جمهوری اسلامی ایران خلدا... ملکه
با سلام و تحیات،دو روز پیش هفته نامه ۹دی به مدیرمسئولی جناب حجت الاسلام حمید رسایی با رای هیات نظارت برمطبوعات بسته شد. ظاهرا بخشی ازدلیل این تصمیم(ونه همه آن) مخالفت «۹دی» باتوافق هسته ای وین می بوده واستناد به دستورالعمل جدید شورایعالی امنیت ملی که ماه پیش و در بحبوحه مذاکرات وین خطاب به مطبوعات صادر شده است. بنده درخصوص این دستورالعمل و اساسا نفس مجاز و یا برعکس غیرمجاز دانستن شورایعالی امنیت ملی مبنی برورود مطبوعات و رسانه های کشور به موضوعات کلان ملی یکی دونکته را می خواستم به عرض برسانم. یقینا حضرتعالی به عنوان ریاست آن شورا دستورالعمل صادره را ملاحظه فرموده اند. املاء و انشاء این دستورالعمل آنقدرکلی، کشدار، مبهم، چند پهلو و قابل تفسیراست که به استناد بندهای مختلف آن، «۹دی» که جای خود دارد حتی روزنامه سخنگوی دولت یعنی «ایران» را هم هیات نظارت بر مطبوعات و یا «دادسرای‌فرهنگ و رسانه» می تواند تعطیل کند. دستورالعمل مستقیما نمی‌گوید مطبوعات علیه هسته ای یا توافق حق ندارند اظهارنظر کنند.
اما آنقدر مطبوعات را «ملتزم» به رعایت این بند و آن یکی؛ رعایت«خطوط کلی نظام»، «وحدت ملی»، «خطوط‌قرمز»، «امنیت‌ملی»، «ناامید‌کردن مردم»، «برهم نریختن وحدت کلمه»، «حفظ روحیه ملی و مقاومت مردم» و... می‌نماید که نویسنده نگون‌بخت به جزآنکه در منقبت تصمیمات و سیاست های هسته ای دولت هر چیزدیگری بنویسد، حد اقل یکی ازبندهای سیاست های مصوبه«شورایعالی امنیت ملی» را نقض کرده و می توان به استناد آن روزنامه اش را تعطیل کرد یا علیه خودش به اتهام«تشویش اذهان عمومی»، «تبلیغ‌علیه‌نظام»، «فعالیت‌علیه نظام» ویا حتی هولناک‌ترازهمه « اقدام علیه امنیت ملی» اعلام جرم نمود.
متاسفانه در مملکت ما دیواری هم از دیوار مطبوعات و اهل قلم کوتاه‌ترنیست و باشاره ای روزنامه ای با ده‌ها ابواب جمعی تعطیل می‌شود. همه پزما درباره دولت علیه جنابعالی آن بود که شما بر خلاف سلف‌تان که اجازه ابراز هیچ اظهار نظری را که درجهت تایید و تصدیق سیاست‌های هسته ای کشور نمی بود را نمی داد، جنابعالی بنا ندارید این‌گونه عمل نمایید.
گیریم که «۹دی»مطالب کذب یا خلافی را به توافق وین و یا اعضاء تیم مذاکره کننده نسبت داده باشد. مگر صدا و سیما آن همه بی مهری، غرض ورزی، جهت گیری های مغرضانه علیه مذاکرات هسته‌ای نکرد؟ مگر صدا و سیما اظهارات مقامات آمریکایی را مستقیم و بدون سانسورو مسئولین خودمان را ناقص،غلط و تحریف شده پخش نکرد؟
کاش می دیدید درآن اوج التهاب روزهای آخر مذاکرات وین مردم چقدر به صدا و سیمای ملی گوش و چشم بسته بودند و چقدر به شبکه های به اصطلاح«بیگانه».«آنجا که عقاب پربریزد از پشه لاغری چی خیزد».وقتی اعتبارروایت صدا و سیما از هسته ای در نزد مردم آنقدرپایین آمده،تصورمی کنید چند نفربه«۹دی» توجه واستناد می‌کنند؟بیش از ۱۰ سال صدا و سیما شبانه روز تبلیغ کرد که هسته‌ای چه هست و چه هست.اما شورواشتیاقی که مردم برای حل مسئله هسته ای نشان دادند،آیا غیرازاین حکایت می کرد که مردم خیلی هم آن تبلیغات ۱۰ساله درخصوص ضرورت و حیاتی بودن هسته ای برای کشور را باور نکرده بودند.
آخرین نکته ای که پیرامون امکان(یا عدم امکان) اظهار نظردرخصوص فعالیت های هسته ای کشوردر کل و توافق هسته ای در جزء خواستم به محضر شریف‌تان برسانم درباب درستی یا نادرستی این امکان است.جناب آقای رئیس،تجربه ۳۶ ساله بعد از انقلاب حکایت از آن دارد که هرگاه اجازه اظهار نظر از مردم و نخبگان کشور سلب شده و نظام صرفا اراده و خواست خودش را اعمال کرده، حاصل کارچندان مشعشع و تابناک در نیامده است. اشغال سفارت آمریکا در۱۳ آبان ۵۸،گروگانگیری دیپلمات های آمریکایی به مدت ۴۴۴ روز و یا ۸ سال جنگ با عراق ازجمله مواردی بودند که همچون پرونده هسته ای از ۸۲ تا ۹۲، به جز نظر رسمی اجازه هیچ اظهارنظر دیگری داده نشد. امروز اما در خصوص آنها به تدریج پرسش‌هایی به وجود آمده اند که با صرف بی اعتنایی محو نمی شوند.اینکه بعد از ۲۷ سال تازه اما و اگر هایی پیرامون درستی پذیرش ۵۹۸ مطرح شده اند و برخی از فرماندهان نظامی مسئولین غیر نظامی را متهم می کنند که نمی بایستی شتاب در پایان دادن به جنگ می کردند، و متقابلا مسئولین دیگرریشه این پرسش‌ها را تسویه حساب های سیاسی می دانند تا دغدغه هایی از روی صداقت،و حرف و حدیث های دیگری که منظم هم در حال افزایش اند حکایت ازاین می کند که اگردر دوران جنگ اجازه داده می شد که به جز نظر رسمی نظرات دیگری هم در خصوص ابعاد مختلف جنگ مطرح می شد امروز شاهد چنین حدس و گمانه زنی‌هایی نمی شدیم.
ایضا در مورد درستی اشغال سفارت آمریکا و به گروگان گرفتن کارکنان آن که منجر به وجود آمدن پدیده «آمریکا ستیزی» شد که تا به امروزاز محل منافع ملی مان برای آن هزینه کرده ایم.شاید اگر در تمامی این موارد و موارد دیگر مسئولین اجازه می دادند که در کنار نظر رسمی، دیگران هم می توانستند اظهار نظر کنند کشور ومنافع ملی مان هزینه کمتری متحمل می شدند. جناب آقای رئیس جمهور،امروز هم اگرپاسخی به پرسش های متعددی که در خصوص هسته ای مطرح شده‌اند، از جمله این پرسش مبنایی پیرامون «هزینه – فایده» آن، اینکه در مقابل هزینه های مستقیم و چندین برابر آن هزینه‌های غیرمستقیمی که ظرف ۱۲ سال گذشته برای فعالیت‌های هسته‌ای مان متحمل شده‌ایم دستاورد آن برای کشور کدام بوده، نه این سوالات و ابهامات محو می شوند و نه فراموش. ونه صدورمصوبه شورایعالی امنیت ملی باعث می شود تا این پرسش ها را کان لم یکن بسازد.اجازه ندهید رویکرد اشتباه دولت گذشته مجددا حاکم شود و هسته ایی باز بصورت یک بت بزرگ درآید که به جز تقدیس و پرستش امردیگری در مورد آن جایز تلقی نشود. حضورتیم مذاکره کننده هسته ای آمریکا درسنا و گنگره آن کشور و ساعت‌ها بحث و گفت‌وگوی جدی، صریح و علنی با مخالفان توافق به صورت زنده دربرابردیدگان میلیونها نفر در اطراف و اکناف دنیا کدام لطمه را برمنافع ملی آن کشور وارد نمود؟ کدام اسرار نظامی،اطلاعاتی و امنیتی آمریکا را در اختیار دشمنان آن کشور قرارداد؟.